共和十四年（1658年），加冕国王不到一年的克伦威尔去世，查理二世复辟，英格兰政局出现动荡，这时，大同与荷兰也在巴达维亚展开密谈——荷兰议会说服东印度公司放弃福摩萨和对大同的海军贷款债权，希望以此换取大同联邦的援助，而大同联邦政府对台湾不感兴趣，要求荷兰尽快结清大同为保卫荷兰已发生的军费，并对今后因此发生的债务提供担保，双方诉求差距太大，只好不断向上面请示，谈判时断时续，取得共识遥遥无期。
共和十五年（西历1659年），吴三桂攻入云南，永历帝逃亡缅甸，至此除少数地区还有残明武装抵抗外，云、桂、贵、闽、粤五省基本落入南京朝廷手中，但南京朝廷的官营经济搞得一团糟，鱼米之乡的江南、浙江日益疲困，竟然还出现饥荒，洪承畴养不起军头，索性许他们在地方自筹粮饷。吴三桂的兵最多，占据的云南、贵州却最穷，一时陷入困境，手下谋士方光琛不愧在大同混过，献出富国强兵之计：结好大同以引进工商；发行铜钞以搜敛民财；开放百业以增收商税；疏通商道以广征关钞。吴三桂一一采纳，他的亲眷、部将立刻像狼一样扑向云贵各地大做生意，广东的尚可喜、福建的耿精忠、广西的孙延龄随之跟风，南中国似乎突然走进新时代。
共和十六年（西历1660年）初，郑成功起兵十八万走海路北伐，五月合会舟山的张煌言部在长江口击败大同联邦的崇明水师协，随后攻崇明、上海不克进入长江，六月在瓜州、镇江先后大败江北民兵和南京官军，沿江州县的南京官员见势不妙纷纷献城投降，郑军势如破竹包围了南京城。洪承畴的主力在南方，无力坚守南京，急忙向扬州的李槐求救，这时，郑军却在南京城下休整十余天无所作为，给了江北动员预备兵和调动兵力的时间，八月上，上海守备梁化凤首先率领三千民兵杀到南京，紧接着徐州提督噶尔图率领骑五镇、步六镇渡过长江。郑军措手不及被杀得大败，撤退途中又被武昌水师协、崇明水师协前后夹击，损失精锐五万、战船数百才逃出长江口，张煌言所部也被打得一哄而散，江南、浙江再无成建制的残明武装。
洪承畴侥幸逃脱一劫，恨得咬牙切齿，捕杀了张煌言等大批忠于故明的志士，次辅钱谦益与残明势力藕断丝连，唯恐受到牵连，索性伙同一帮江南士绅叛逃江北，从此脱离官场专心治学。
共和十七年（西历1661年），困守厦门的郑成功为寻找出路率精锐二万五千人、战船数百艘东进，四月在台湾南部登陆，赤嵌城的荷兰人力战不敌，被迫献城投降。郑军迅速分兵一部扑向台湾北部，而以主力包围泽兰城，但福摩萨总督揆一拒绝劝降，率领千把荷兰男女死守泽兰城，同时派人向巴达维亚求救。八月，十多艘荷兰东印度公司的武装商船进入台江，郑家舰队以绝对优势将其击退，巴达维亚派来的信使却趁乱进入泽兰城传达命令——免去揆一的福摩萨总督之职，放弃福摩萨并撤走全部荷兰人。揆一不肯从命，坚持到十二月才向郑军投降，郑成功很大度地释放了投降的荷兰人，揆一不服气，出海不久又转向台湾北部。
台湾北部是十几万大同移民的聚集地，建有共和、自由两座坚固城堡，大同驻台大使彭大顺、副使施琅毫不畏惧郑军来犯，率领民兵海陆出击，数次击退郑军登陆，揆一带领百余荷兰青壮赶到后防守更加严密，郑军屡战失利，退回台湾南部与主力会合。
共和十八年（西历1662年）正月，大同联邦与荷兰迫于台湾形势不断恶化，两国政府相互让步达成协议——双方已发生的债权债务全部冲抵，今后大同海军为保卫荷兰所支出的军费由大同联邦承担七成、荷兰承担三成，荷兰同时支持大同没收英格兰在联合亚细亚公司的股份作为战争赔偿，大同同意接受台湾，并保证年底前委派范-盖伦将军率联邦海军出兵欧罗巴。
五月，范-盖伦率领联邦舰队、联合舰队突然出现在厦门海面，轻松歼灭了郑军留守舰队，还协助耿精忠所部攻克厦门，几乎同时，金国鼎率领步五镇、步七镇登陆台湾北部。郑成功闻讯急忙下令放弃台湾转进吕宋，但途中被大同海军会合荷兰、西班牙舰队包围，苦战三天大部分战船被击沉，郑成功忧愤交加死于军中横行远东海面数十年的郑家海盗武装就此覆灭。
同年，残明永历皇帝被缅甸国王遣送回国，吴三桂下令将其及家眷缢杀于昆明，南京朝廷由此坐实了伪朝的恶名。江南、浙江人民苦于官营盘剥已久，趁势打出“除贼复明”的旗号起来反抗，洪承畴有心镇压，但军队不断哗变，朝中官员也分崩离析，不得已逃亡江北避难，三年后病逝于大同。南京朝廷突然崩溃，士绅名望却找不到哪个大明宗室敢出头当皇帝，地方上陷入一片混乱，南方的吴三桂、尚可喜和耿精忠三大军头趁机出兵夺权。这时吴牲创立的联邦党活跃起来，在南京召集地方士绅和返乡商贾成立议会，宣布江南、浙江独立，同时向大同请求保护，联邦政府迅速派兵进驻两省，逼迫吴三桂等人缩回老窝。
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