米柱在入宫之后，己和皇帝等有了初步意见，他们必须借此机会，掌握主导权，掌握和控制更多的兵权，所以总督一职，志在必得。
米柱有许多的计划，也需要总督的配合，所以他推荐了好友亓诗教，至于说文臣领兵，这是必须的，权柄这么重的官员，必须是文官，他本就是副都御史，加兵部尚书衔，可以节制地方文武官员。
孙承宗道：“户部可以拔100万银两、五十万石粮草，作为平乱之用！”孙承宗这计相，平日极其吝惜，但是一旦有兵事、灾变时，就变得极其大方，百万纹银粮草划出，眼睛都不眨一下。
米柱则建议：“孔德兴指挥的皇家卫队一部，加上黑水卫队共有六千多人，正在洛阳待命，可以让他们立即出发，前往长江边，由船队运送西进，可以在最快时间内抵达。”
朱由校道：“孔德兴什么官衔？”
米柱道：“锦衣卫千户、皇家卫队一镇参谋长。”
朱由校道：“任命孔德兴为皇家卫队一镇师正，率部入川助剿。”
皇家卫队四镇师正，总兵级，向由五军都督府四位都督遥兼，这是虚衔，实权掌握在参谋长和各团团正之手，孔德兴野路子出身，一直在黑水卫队干，黑水卫队的总教官，负责训练和招募雇佣兵，他招募到的新兵，有的转往皇家卫队，有的转往皇家陆军，一部分自用，一部分发往南洋。
这是米柱第一个小弟，当秀才时便来投，也有过人的武艺和军事本领，在锦衣卫、皇家卫队、黑水卫队之间游走，游刃有余。
皇帝朱由校曰：“善！”大军出征，可不是一件容易事，你必须招集人手，准备武器装备、一路上的吃喝拉撒等等，加上赶路的时间，一俩个月内赶至四川都正常，那时的叛军，不知攻下多少州县了。
原本从贵州调兵是良策，但米柱这么一说，非但不能调兵，还要增兵以防水西安氏，这就让四川在短期之内陷入无兵可调的局面，面对叛军的反扑，只能靠自己了，在开局之时，叛军占优，处于进攻一方。
顶过了这一波，朝廷大军云集，这才是反攻之时。
可以这么说，如果不是亓诗教出任四省总督，米柱是不会调动黑水舰队和黑水卫队这些硬家伙的。
演义野史中经常有借兵之说，兵如同老婆，是不可能借的，借了就不属于自己，可以以雇佣兵的形式参战，事后许以好处，但借兵日后再还如同借老婆日后再还。
但亓诗教是米柱一党成员，有共同的政治观点，互为奥援，当然乐于助他。
两支部队的调动，可以让援军于七日内抵达重庆，这是以往不敢想像的。
而且他飞鸽传书长江上的内河舰队，他们作为前锋立即出发，溯江西进，最快三日可达，可以为沿江州县提供火力支持。
确定了总督人选，又派出了前锋部队，大臣们开始出谋划策，调动更多的资源和部队，奔赴前线，前去支援。
奢祟明为永宁宣抚使，属于明将，他属于叛乱，所以这叫平叛之战。
朝廷当即命令一饱学之士，写一篇征讨的檄文，直斥其非，更是公开的声称免去奢祟明一切职务，诛灭其九族，追随者一律处斩，对于造反的，一直是这么的严厉凶狠。
东厂提督更是指出，东北打仗、西南叛乱，朝廷旧有制度难以应付如此险恶严峻形势，建议成立军机处。
朱由校以内阁在太和门外，恐漏泄机密，同意于寝宫附近隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用，辅佐皇帝处理政务。
朱由校一口气从内阁六部之中挑选了一大群人入值。
军机处又叫南书房，用他的话是择词臣才品兼优者入值，入值者主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，撰述谕旨。
南书房非崇班贵檩、上所亲信者不得入，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令。
它没有专门的官员，军机处没有正式衙署，只有值班房，在隆宗门内，靠近康康帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。
无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构，召见时，皇帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决，军机大臣根据旨意，草拟文书。
米柱成立军机处的最终目的，是为了剥弱内阁的权力，如果能做到像是清宫一样，形成决议上谕后不走内阁，立即以军机处名义下发，这就可以大大加强皇帝的权力。
因为这军机处没有定员没有级品、俸禄，其它官员也不好反对。
孙承宗为军机处领班大臣，另有熊廷弼、袁应泰、米柱、张惟贤等为军机大臣，另设有军机行走十多名。
只有叶向高敏锐意识到，皇帝宠信军机处，权力集中在军机处，其权力就无限放大，绕过内阁，边缘化内阁只是迟早问题。
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