腓力三世是在在腓力二世去世的第二年，也就是1599年4月18日，时年二十岁的腓力国王与奥地利的公主玛格丽特举行了盛大的婚礼。
尽管这门婚姻是具有政治性的，但是夫妻感情是非常的好，始终是情感深厚的。玛格丽特是奥地利大公查理二世的女儿，也是神圣罗马皇帝费迪南一世的孙女。此外，玛格丽特的母亲是巴伐利亚的公主玛丽·安娜。玛格丽特出生在这样一个虔诚的天主教家庭，对于宗教是非常认真的。因为玛格丽特出身皇室，她对于政治还是非常感兴趣的，结婚以后，她还协助丈夫处理内外事务。
在当时的马德里宫廷中，神圣罗马皇帝马克西米连二世的寡妻，皇后玛丽娅和她的女儿玛格丽特生活在那里，构成一个较小的圈子，她们与王后玛格丽特的关系和睦。这三个女人对国王腓力三世有着较大的影响力。
在十年前的1611年10月3日，玛格丽特生下王子阿方索以后，就去世了，时年二十六岁。但是腓力对玛格丽特一直怀有深厚的感情，再也没有结婚过。
腓力和玛格丽特共有八个孩子，但是只有三个活到了成年，他们的一个儿子腓力，后来成为了下一任的国王，是为腓力四世。
腓力三世继位以后，对于腓力二世和前任国王的一些制度，总是觉得有些不太符合现实的需要。本来在很早以前，西班牙国王就建立了很多委员会，有地方的，还有特别区域的，主要是协助王室处理各类事务。在腓力二世的时候，国王倾向于任命一些大贵族担任重要的职务，据说这是根据传统的制度。但是，随着时间的推移，这一传统不变的制度发生了潜在的变化。
到了腓力三世以后，他越来越愿意提拔一些中小贵族来担任重要的职务。腓力三世这一重要的改革，源于他15岁以后参与政府的直接经历和亲身实践。这一重大的变化与腓力三世所处的时代不无关系，人文主义思想强有力的影响了当时的政府管理制度，这一点在意大利尤其是显而易见的。
还有一点也是不容忽视的，他与勒马公爵的观点是一致的，那就是现行的制度有不少是不符合实际的，不需要把王国的大贵族都包括进去。何况这些大贵族，早就不是以前的时代可以比的。
在西班牙中世纪的时候，大贵族还成为国王有力的依靠，无论是选择继承人，参与战争，以及王室内争，都少不了这些人的参与和支持，如有名的卡斯特罗家族。随着文艺复兴和宗教改革的兴起，大贵族逐渐被新的贵族阶层所取代，不过这个过程是比较缓慢的。
但是，对于腓力三世来说，勒马公爵的地位和权势也是非同一般的。这位贵族表面上被称呼为公爵，实际上与国王的地位相当，这也是腓力三世所允许的。所有起草的诏书，在递交给腓力三世之前，都要经过勒马公爵来检查和审核。甚至于，腓力三世还下令，所有的委员会的成员，不管级别如何，都要服从勒马公爵的指示。
国王让勒马公爵主持各类政治事务，使得很多人不满和充满着怀疑，越来越不受人欢迎。不过在王后玛格丽特的计策下，勒马公爵最终被迫离开政府。
腓力三出于政治上的原因，驱逐莫里斯科人，这些民族原来是在再征服时期，被迫改教的，***的后代。莫里斯科人在西班牙已经生活了好几个世纪，但还是保持着比较独特的民族和宗教文化，并没有完全融入到西班牙国家中，这就是腓力三世制定策略的一个原因。后来这些民族绝大部分，转移到突尼斯和摩洛哥国家中。
在腓力三世统治时期，瘟疫横行，农业歉收，一直是很严重的问题，因此当时的西班牙经济形势不是很稳定。尽管，腓力三世继承了一个庞大的帝国，但是债务不少，很多是腓力二世时期累计下来的。
重要的省份，如卡斯蒂利亚负担了大部分的财务。为了解决国内经济问题，腓力三世和他的顾问想到了很多办法，如铸造新币，结果反而引起经济混乱。在当时的西班牙，地方议会和政府，很多时候是不奉行国王的诏书命令，王室的权力和效力很难达到地方，比起法国王室，的确相差很多。
现在这国王以坑爹的方式死去，举国震动，加上“奸臣”勒马、乌塞达候爵父子彻底失势，正是争守他们留下来的权力空白大好时机，这会儿那里有人关心远东的事？
腓力四世是顺利当上了国王，因为乌塞达候爵全军覆灭，他也有足够的政治红利分给其它支持者。
腓力四世出生于巴里亚多利德，是腓力三世的长子。他同时是南尼德兰的领主，并兼任葡萄牙国王，他在任期间，西班牙虽然仍领有广大国土，但已经继续走向衰落。
三十二年前无敌舰队败给了英国，从此海上霸权一去不复返，再加上从他祖父逝世时帝国的国库就已经非常贫困。
无敌舰队被英国海军全歼。这场战争导致西班牙元气大伤，无力再干涉尼德兰革命。
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