他不仅称赞清兵“杀退流贼，安了百姓，替明朝报了大仇”(《闲话》)，还讴歌康熙圣朝的祥瑞；不仅回避了清兵血洗扬州的惨剧，在结局里还掩盖了侯方域的变节，这就不能不在一定程度上局限了作品的思想成就。
文学史上原有不少传奇通过男女主角的离合悲欢，串演一代兴亡的历史故事，但《桃花扇》的出现，却使这类创作达到新的艺术高度，它把侯，李的离合之情与南明的兴亡之感结合得更紧密。
与它同时的《长生殿》比之以前的作品如《浣纱记》，《秣陵春》等算是结合得较好的。
然而《长生殿》是通过兴亡之感来突出李杨的爱情，而不是“借离合之情，写亡之感”。
这样，《长生殿》在下本里就有部分情节离开了实形势来颂扬李、杨生死不渝的爱情，而《桃花扇》写侯、李的爰情是始终紧密结合明清之际的历史形势展开的。
由于侯方域本身是参加过复社文人反阉党的斗争和史可法幕厨的人物，通过他的一连串舞台活动就有可能比较集中地反映南明王朝内部的各种矛盾。李香君是秦淮名妓，通过她，又正好从侧面反映出南明王朝的苟且偷安、腐化堕落。
传奇《媚座》出总批说：“上半之末，皆写草仓峥斗之状，下半之首，皆写偷安宴乐之情。争斗则朝宗分其忧，宴游则香君罹其苦。一生一旦，为全本纲领，而南朝之治乱系焉。”
清楚地说明了作者的艺术构思。
并且孔尚任在《桃花扇凡例》里锐：“朝政得失，文人聚散，皆确考时地，全无假借。至于儿女锤情，宾客解嘲，虽稍有点染，亦非乌有子虚之比。”
像是原书有《考据》一篇，列举传奇中许多重要历史事实所根据的文献资料。
这种忠于客观史实的精神，在明清传奇中，除《清忠谱》外，是没有可以和它比拟的。
然而作者又说：“剧名《桃花扇》，则《桃花扇》譬如珠也，作《桃花扇》之笔譬则龙也。穿云入雾，或正或侧，而龙睛龙爪，总不离乎珠。”
这就说明作者不仅忠于历史事实，同时是通过精心的艺术创造，如排场的起伏转折，情节的前后照应，角色的分配，曲白的分工等等，使它成为一部优秀的传奇作品，达到了历史真实和艺术真实较好的结合。
至于《桃花扇》的艺术成就主要表现在这两方面，从作品的凡例、批语看，它是作者创造性地总结明清传奇作家创作经验的成果。
此外如人物的描绘，语言的运用，也有它独到的地方。
如《侦戏》中（双劝酒)：“前局尽翻，旧人皆散，飘零鬓斑，牢骚歌懒，又遭时流欺谩，怎能得高卧加餐。”
以独唱抒发阮大铖的牢骚，表现了他一副可怜相。“可恨身家念重，势利情多；偶投客魏之门，便入儿孙之列”一段白，似乎也不无反悔之意。
但接着悄语：“若是天道好还，死灰有复燃之日。我阮胡子啊!也顾不得名节，索性要倒行逆施了。”
终于露出其奸邪，阴险的豺狼本相。
这样唱词和宾白的配合，惟妙惟肖地刻划了阮大铖的形象。
而《余韵》中（哀江南）套曲更是传诵的名篇：俺曾见金陵玉殿莺啼晓，秦淮水榭花开早，谁知道容易冰消。眼看他起朱楼，眼看他宴宾客，眼看他楼塌了。边青苔碧瓦堆，俺曾睡风流觉，将五十年兴亡看饱。
那乌衣巷不姓王，莫愁湖鬼夜哭，凤凰台栖枭鸟。残山梦最真，旧境丢难掉，不信这舆图换稿。诌一套哀江南，放悲声唱到老。——(离亭宴带歇指煞)
然而，作者在语言的运用上主张“宁不通俗，不肯伤雅”。
所以给人的印象是典雅有余，当行不足；谨严有余，生动不足。这实际是许多文人传奇戏在语言上的共同特征。
还有就是昆曲了，要知道昆曲从晚明开始就经常在封建贵族及宫廷中演出，日益脱离人民，脱离现实，形式主义的倾向日趋严重，到清代中叶便转入衰落时期。
许多原来的优点到一定阶段，便转化而成为缺点。
昆曲的曲词以典雅美丽见长，但“到了乾嘉之世，昆曲里面，早就给贵族绅士的文人，填塞了一大堆一大堆牛屎似的‘饾饤’进去”(瞿秋白《乱弹代序》)，大多数人不能理解。
昆曲的唱腔以悠扬宛转见长，在它新起的时候，听者感觉回肠荡气，到后来节奏愈趋缓慢低沉，行腔转调过于细密，大多数人不能欣赏。
但由于偏重曲词的欣赏，忽视作品的社会内容，不能通过戏曲冲突反映现实斗争，题材范围也日益狭小。
这些都限制了它的发展和改进，像是在昆曲日益衰落的同时，被称为“花部”的地方戏大大地兴盛了。
同时随着昆曲的衰落，文人传奇的创作也趋向低潮。
这时他们的传奇绝大多数是宣扬封建伦理道德的作品，或用以蜈宾遣兴的风情喜剧。
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