崇祯三年二月，总理马世龙把朱由检赐给他的尚方宝剑交给曹文诏，命令他率领参将王承胤、张叔嘉、都司左良玉等埋伏在玉田的枯树和洪桥，因鏖战有功升为参将。
然后他从大堑山转战到遵化附近，又跟从马世龙等攻下大安城以及鲇鱼等关口。因为收复四城的功绩，朝廷给他加官为都督佥事。
七月，陕西民变势大，曹文诏被封为延绥东路副总兵，带领关宁军入关进行征讨。
崇祯四年四月，曹文诏击灭据守河曲的变民首领王嘉胤，以功升任临洮总兵官。
点灯子从陕西进入山西。曹文诏追击他们，追赶到稷山的时候，招安了七百名农民。
点灯子逃跑了，不久又被生擒后斩杀。
李老柴、独行狼占据了陕西中部，巡抚练国事、延绥总兵王承恩包围了他们。
五月，庆阳的农民军郝临庵、刘道江前去援助。恰巧曹文诏从西面凯旋，就同榆林参政张福臻联合围剿他们，杀死了李老柴及他的同党一条龙，其他的同党逃往摩云谷，副将张弘业、游击将领李明辅战死。
曹文诏于是就同游击将领左光先、崔宗荫、李国奇分别围剿绥德、宜君、清涧、米脂等地的贼寇，分别在怀宁川、黑峪泉、封家沟、绵湖峪等地展开战斗，都取得了重大胜利。扫地王被斩首。
红军友、李都司、杜三、杨老柴都是神一魁的余部，他们屯兵镇原，准备攻打平凉。
练国事发布檄文要求甘肃总兵杨嘉谟、副将王性善扼住他们的攻势，农民军只好败退到庆阳。曹文诏从陇州的小路出发前来同杨嘉谟、王性善会合。
崇祯五年三月，曹文诏与农民军大战于西濠，斩首千级，生擒杜三、杨老柴。他们的余部纠合另外的农民军洗掠了武安监，占领华亭，又在攻打庄浪。
曹文诏、张嘉谟赶到，农民军屯兵张麻村，明军直压过去，合力打击他们，农民军逃往高山上了。
游击将领曹变蛟、冯举、刘成功、平安等人呐喊着冲了上去，农民军又一次败逃。
这时王性善与甘肃副将李鸿嗣、参将莫与京等到来，他们一起战斗，斩获了五百二十多个首级。
明军乘胜追击，先后在咸宁关、关上镇打败了农民军，追到陇安时，嘉谟和变蛟联合夹攻，又打败了他们。
几千名残余农民军想逃往汉南，被游击将领赵光远阻截，于是从长宁驿逃到了张家川。
有一支从清水分出的贼寇力量较强，副将蒋一阳同他们相遇后战败，都司李宫用被捕了。曹文诏于是使用反间计，使其他首领上当，让他们杀死了红军友，然后赶至水落城打败了他们，追到静宁州的时候，贼寇飞奔占领了唐毛山，变蛟率先攻上山头，全歼了这支农民军。
民变首领满天飞、郝临庵、刘道江被王承恩打败后，退保铁角城。独行狼、李都司赶去同他们会合，满天飞、刘道江于是就携手围攻合水。曹文诏前去援救。
农民军隐藏了自己的精锐部队，只让一千多骑兵出来迎战，引诱明军抵达南原时，伏兵大起。
城上的人都说曹将军已经死了。曹文诏拿着长矛来回冲击，单枪匹马被包围在万余名农民军中间。
各军见状，就出兵夹击援助，农民军大败，伏尸遍野，残余的农民军逃往桐川桥去了。
曹文诏率领曹变蛟、冯举、张嘉谟及其参将方茂功等追上他们，冲锋陷阵，拼命厮杀，农民军又大败。
不久曹文诏与宁夏总兵贺虎臣、固原总兵杨麒在甘泉虎兕凹打败农民军，都大获全胜。
总兵洪承畴在平凉斩了满天飞，降服其将领白广恩，其余的农民军分路逃窜了。曹文诏赶到陇州、平凉、凤翔之间追歼他们。
这年十月，三次战斗三败农民军。接着就逼向耀州锥子山的农民军，其党羽杀死独行狼、郝临庵后投降了。洪承畴杀了其中四百多人，其余的遣散回家。关中的农民军这下子略略被剿平了。
巡抚御史范复粹在递给朝廷的奏章中总计历次战斗中共获首级三万六千六百多，曹文诏的功劳第一，张嘉谟第二，王承恩、杨麒又在其次。文诏在陕西时，大小几十次战斗，立功最多，洪承畴却没有给他记功。巡按御史吴生生十分推重文诏，复粹也再次上书汇报，但兵部还是压低他的功绩，最后还是没有给曹文诏论功行赏。
在这个时候，农民军看到陕西兵力强盛，就大都流入山西，他们的首领紫金梁、混世王、姬关锁、八大王、曹操、闯塌天、兴加哈利分别统帅七大营部。
每部人数多的有一万人，少的也有五千人，在汾州、太原、平阳等地肆意活动。
御史张宸极上书朝廷说：“贼寇是从陕西来的。陕西将领曹文诏素有威名，士绅百姓为他编歌谣称赞说：‘军中有一曹，西贼闻之心胆摇。’而且他曾经在山西立过功，陕西的贼寇已消灭殆尽，应该下令让他进入山西帮助围剿贼寇。”于是朝廷命令山西、陕西的各位将领一同受曹文诏指挥。
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