南京礼部尚书一职空缺，吏部推温体仁为候选，骆从宇备选，但崇祯帝点了骆从宇，将温体仁留在北京。后金大汗皇太极率军包围京师，酿成“己巳之变”，温体仁上密疏告发督师袁崇焕通敌，促使袁崇焕被捕下狱。崇祯帝决定让周延儒入阁，立场亲东林党的两位阁臣韩爌、钱龙锡推荐何如宠、钱象坤一起入阁，据说就是为了阻止温体仁入阁。其后温体仁与周延儒联手，暗中指使弹劾曾支持袁崇焕的钱龙锡，使其被治罪下狱。在周延儒的建议下，温体仁和吴宗达进入内阁，兼东阁大学士，加太子太保，进文渊阁大学士。
温体仁作为内阁次辅，与周延儒表面上“同心秉政，相得甚欢”，暗地谋夺其首辅之位。其时山东籍的兵部尚书王洽，为己巳之变负责而死，出自周延儒的主张，温体仁趁机笼络山东籍官员，江西籍官员也被他笼络，都称赞温体仁而贬低周延儒。山东巨野籍的户科给事中葛应斗，上疏弹劾吏部尚书王永光所亲信的御史袁弘勋、锦衣卫指挥张道濬“通赂窃权”，温体仁利用周延儒外出主持科举之机，拟了道严旨，治罪袁、张，得到崇祯帝采纳，随后吏部尚书王永光也遭弹劾，引咎去职。
温体仁让自己的同乡姻亲闵洪学取而代之，掌控人事权，同时倚靠御史史??、高捷及侍郎唐世济、副都御史张捷等为心腹，处心积虑欲攻倒周延儒。周延儒也指使华允诚等反击，弹倒了闵洪学，由与温体仁不亲的李长庚出任吏部尚书。温体仁暂时讨好周延儒，周延儒表示“死生决不相负”，温体仁趁机收拾了据称帮华允诚写上疏的姚希孟，姚希孟求救于周延儒，周延儒坐视不救，最终被贬。
周延儒因被太监王坤弹劾而处境危险，温体仁却不出一言相救，两人又开始交恶。在此期间，凡是与周延儒为难者，温体仁都帮助他们晋升，凡是帮助周延儒者，温体仁就大力排挤，同时又能做到不露声色，见机行事，使崇祯帝不怀疑。不久，周延儒被揭发曾私下称崇祯帝为“羲皇上人”，被迫辞职，批准其辞职的票拟即出自温体仁之手，内阁首辅之位亦落入温体仁囊中。
周延儒去位时，为了报复温体仁，推荐何如宠入阁，但何如宠畏惧温体仁而不敢就任。刑科给事中黄绍杰直接指出何如宠就是畏惧温体仁这种奸佞小人，请求将温体仁逐出朝廷，崇祯帝斥其“率妄”，将他降调外任。温体仁以平定登州叛乱的功劳，进中极殿大学士，加少师。
温体仁升任首辅后，就试图除掉与他不和的吏部尚书李长庚，从而控制人事权。崇祯帝下旨宽恤被处分的朝臣。而李长庚未等刑部上奏的减刑名单奉圣谕批示，就在温体仁的催促下开具起废诸臣名单，疏上后温体仁上密揭弹劾李长庚。崇祯帝对李长庚不待刑部释罪疏得请就开具起废名单大为不满，认为他“屈法徇私，朋比欺蒙”，将李长庚削籍为民，温体仁的亲信吏部左侍郎张捷署理部事。崇祯帝在平台召见群臣，会推吏部尚书，张捷推举了名列“钦定逆案”中的阉党吕纯如，当场引发巨大争议，在场言官力执不可，甚至想殴打张捷，温体仁只好退而求其次，提议用自己的另一亲信谢升为吏部尚书，并被崇祯帝采纳。
其后，文震孟因讲《春秋》而得到崇祯帝青睐，由于文震孟是亲东林人士，所以被温体仁忌恨。温体仁回家养病，崇祯帝举行了一场空前的廷试，打算以考试方式从官员中选拔阁员。文震孟因病未能应试，却被崇祯帝钦点，与应试的张至发一起入阁。温体仁也回内阁供职，每次拟旨必征求文震孟意见，而且往往听从，文震孟以为温体仁“虚怀”，放松了对他的警惕。吏部尚书谢升要把曾因凤阳皇陵被焚而弹劾温体仁的言官许誉卿调往南京，文震孟却很欣赏许誉卿，反对将他调往南京，并为此大骂谢升。谢升进一步奏称许誉卿不想南迁是为了把持朝政，最终崇祯帝支持了谢升、温体仁，并将许誉卿贬为民。文震孟对此大发牢骚，讥讽说“科道为民，极荣之事”，温体仁便向崇祯帝告状，崇祯帝果然大怒，指责文震孟及其同党何吾驺“徇私扰乱”，随即将其逐出朝廷。
文震孟、何吾驺被贬后，郑鄤十分不满，温体仁便想除掉他，借此敲打文震孟、黄道周等亲东林人士。温体仁根据郑鄤族舅吴宗达揭发的材料，上疏弹劾郑鄤居家期间曾“杖母烝妾”，即杖打母亲、强纳父妾。崇祯帝下令将郑鄤下狱，由于查无实据，此案拖延数年，以凌迟处死结案，但此时温体仁已死。
体仁辅政期间，内外时局愈发混乱，因此遭到傅朝佑、刘宗周、杨光先、朱国弼、王昺等多人弹劾，崇祯帝都回护温体仁，将这些人或下狱、或革职、或充军、或夺俸、或夺爵。温体仁自以为有皇帝庇护，愈发肆无忌惮。当时，温体仁之弟温育仁想加入张溥、张采创立的复社，却被拒之门外，温体仁怂恿原任苏州府推官周之夔和文人陆文声控告复社“结党恣行”“把持武断”“逐官杀弁”“朋党蔑旨”，企图利用拟旨大权来镇压复社。
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