可是，在洪武初年就有卫所军官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，永乐中期往后更是愈演愈烈。
一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于卫所军士生活困苦，逃兵甚多，如洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者计四万七千余人，因此有“根补”、“勾补”等方法。
根补即抓回逃军，勾补则由其户中以丁补，但此举既扰民又扰官，亦有军官藉此贪污，迫害人民，使乡里间痛苦不堪，而且逃兵有增无减。
据记载，在原来的历史上，正统三年逃亡的卫所官军竟达一百六十余万人，正德、嘉靖年间更为夸张，有些卫所逃亡军士达到在籍军士七成左右，甚至超过八成，许多边地驻军不足一半。
朱高煦虽然改变了历史，但卫所制的败坏，从永乐中期往后就开始了。
卫所军士的逃亡，除了生活困苦之外，与其社会位的降低也有关。
毕竟，明初因需要武力，朝廷较重视卫所军士。
永乐中期往后，大明承平日久，卫所军士的重要性被削弱，其地位也随之大为降低，再加上以罪犯充军，使卫所军士的形象更为低下。
这也是朱高煦执意要推行募兵制的原因之一。
“你刚才说朝廷设置了防御巡守使司，可你注意到没有，今上下诏裁撤了旧港都司，改设海南三司，裁撤满剌加都司，设海角三司。
加上乾熙元年十一月，裁撤吕宋都司后设置的东沙三司，如今大明在南洋有了三个朝廷直管的省。
同时，设置南沙都司。
内地裁撤了都指挥使司，但边疆省还需要都司卫所驻兵。
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