技术上的难题姑且不说，其他的外部因素也都会让这个工程项目变得举步维艰。
比如国际问题，国际河流在联合国公约规定享有权利范围内，因水资源分配和利用需要部分改变现状，是否会引发一些争议甚至发生战争等国际纠纷，假如这项超级工程把雅鲁藏布江等喜马拉雅山脉的水源从上游截断，三哥的恒河得完蛋，南亚得完蛋，东南亚诸国也遭不住，上游被切断，下游地区的气候、地貌环境就有可能发生剧变。
像分歧严重的美国科罗拉多河流域水资源分配一样，战争虽然没有发生，但可能战争依然是矛盾与分歧不可调和的产物，这是必然会发生的国际纠纷问题，得需要找到一个分歧化解的通路。
此外还有工程的环境影响。
比如高海拔地区超长隧道勘察与施工问题，各种不良地质现象的处理问题，冰冻期间对水量的影响，以及对建筑材料和建筑物的影响，对气候的改变，气候这个问题既可能有利，也有不利的一面，需要借助包括数字地球信息系统、大数据和超级计算机进行反复模拟计算，对各各大河流下游已建的工程效益的影响情况与补偿研究等，要知道共和国在各大河流都建造了许许多多的水力发电站的。
这些都是需要考虑的因素，可见其工程启动的难题之大了。
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