当轨道轰炸的蘑菇云散去，几个J10战术机中队伴随着一架雷鹰战机向着重庆巢穴飞去。他们是前往清理巢穴的先头部队。
原本的计划是远征军的突击部队负责斩首，但计划赶不上变化，轨道轰炸直接摧毁了统一战要面对的BETA，所以现在由他们负责将巢穴中的渣宰们清除。
崔亦菲驾驶着带领风暴小队飞翔在雷鹰周围，她看着战术机外被轰炸摧毁的大地。到处是撕碎烧焦的BETA尸体，原本崎岖的山地被炸成深坑，茂密的树林只留下碳化的残骸。
崔亦菲，这位战绩惊人的队长只感觉有些喘不过气，仅仅一轮攻击就摧毁了一片大地，她无法想象如果轨道上的战舰持续攻击会发生什么。
在一段时间的飞行后，机群终于接近巢穴所在的区域，或者说像巢穴建立的区域，轨道轰炸造成的地形改变太大了，导致以前的地图完全失去了作用。
雷鹰发射了一枚热熔导弹，巨大的热量熔穿了坍塌的岩石，露出了通往地下巢穴核心的洞口。
机群逼近洞口，雷鹰进入低空，随后穿着铁骑式终结者装甲的凯伦瓦尔和他的三名荣誉护卫从腹部的舱门一跃而下。崔亦菲将她的战术机停在洞口前，她朝着洞口内望去，只有一片黑暗。
根据之前的情报，统一战线知道巢穴中还有被BETA捕获的人类，他们被囚禁着，等待战士们的拯救。
以风暴小队为先锋，战术机中队依次进入BETA巢穴的下层，很快，他们就和巢穴内参与的BETA展开了遭遇战，巢穴内的通道十分复杂，每一次转弯都可能和BETA迎头碰上，进入巢穴的战士不断挤压BETA的活动空间，一点一点将巢穴内的BETA清理干净。
终于在强行炸开一条通道后，清理小队见到了之前被BETA捕捉的人类。凯伦瓦尔紧握手中的战术突击炮，眼前是一排排他在月球上见过的那些茧，里面包裹着被俘获着的大脑和脊椎。
凯伦瓦尔举起突击炮对准这些茧，默念了一声抱歉随后就要给予他们仁慈。
“请等一等，”一架战术机的扩音器传来声音，“你们有那种可以维持生命的设备对吧，我们愿意……”
没等她说完，突击炮就喷吐出火舌，爆弹撕裂了包裹大脑的茧，将整个生物装置摧毁。
“他们已经没救了，我们在月球上就见过这样的人，再先进的科技也救不了连灵魂都消散的人。”凯伦瓦尔无情的说。
所有人都陷入了沉默，巢穴中只有凯伦瓦尔说话的回音。
“继续前进，我们要找到头脑级”随后清理小队接着清理整座巢穴，接下来一小时中没有一人说话。
终于在巢穴的最下层，清理小队见到了一个巨大的发着蓝光的卵状有机体，那就是头脑级。
所有人都将武器对准眼前的巨卵，这时一阵声音从四面八方传来，其他人都觉得刺耳，但凯伦瓦尔和他的护卫却听见了机油佬一样的声音，“你为何同这些矿物一起与我为敌，造物主的工具？”
“造物主的工具！”凯伦瓦尔紧紧盯着头脑级，他已经按耐不住开火的欲望了，但为了获取更重要的情报，他强耐着毁灭欲，等待头脑级继续说。
“你身上的信号和基因编码证明你属于造物主们的制造序列，只是和我等的工具种类不同罢了。”
“是吗，我可不这么认为”凯伦瓦尔的突击炮炮管开始转动，紧接着巨大的轰鸣回响在巢穴下层中。
在被爆弹撕成碎片之前，头脑级依旧用它那毫无感情的声线说：“更上一级单位在E01号开采点等待。”
凯伦瓦尔收起战术突击炮，对着身边的跟随他奋战的战士们宣布结束了。
重庆巢穴的头脑级彻底死亡，而他所属的BETA也被彻底消灭，人类在长江以南的BETA威胁已经被消除。
在巢穴中的最后一声枪响后，远征军与统一战线发起的重庆战役结束。
从九月五日至九月二十一日，整场战役持续16天，消耗炮弹两万吨，等离子炸弹一万六千枚，反击纵队伤亡人，战术机损坏230台，卫士伤亡接近65%，以重庆为中心方圆13万平方公里的土地在三十年内都无法恢复。
虽然损失是如此巨大，但战果也是丰厚的，长江以南的全部国土被统一战线夺回，该地区99.98%的BETA被消灭或被迫撤退，重庆巢穴被彻底毁灭无法再生。
在十月一日，统一战线在南京恢复原有的国名，逮捕反动分子。他们在灰烬远征军的帮助下稳定了长江防线，并开始了沿海地区的重建工作。
十月五日，CN国与远征军签订协议，加入联合国家政府，并获取了远征军的技术支持，一些先进的生产线被设立，科研人才开始和机械教人员展开科研交流活动。
同年，西方国家在要求技术分享无果后，以美利坚为首多国集团对CN进行经济与技术制裁，只有苏联依旧保持原有态度。
回到重庆战役刚结束时，凯伦瓦尔连长正在向荷鲁斯汇报。
“情况如何？”荷鲁斯坐在椅子上问之前跟随进攻的凯伦瓦尔。
“毫无疑问，他们的决心相当坚定，我相信他们是这颗星球上最有希望的一群人，当然，还是不免有一些败类，但相比其他势力已经非常好了。”说完，凯伦稍微斟酌了一下，“大人，关于我提到的情报……”
荷鲁斯坐直身躯，严肃的说：“我会处理好这件事，但你要严格保密，有多少人知道这件事？”
“只有我和我的三个护卫。”
荷鲁斯松了口气，“还好知道的人只有你们，否则将引起巨大的政治麻烦和信任危机。凯伦，这是绝密情报，你懂的。”
“当然，我会让我的护卫删除这段记忆。”
“不，我的意思是保密即可，不要留下任何文字资料。”荷鲁斯驳回了这种想法。
删除记忆，这是他父亲和人类帝国的常用手段，荷鲁斯并不想向他们一样。
“准备好战机，你来开，我们去一趟喀什。是时候揭开那群异形的谜语。”
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