李世民看完纥干承基口供笔录，知道了太子李承乾要谋反的事。
他当即传令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世绩与大理、中书省官员，联合再审查实。
随后果然查清太子李承乾谋反实情。
李世民派人把李承乾召入宫庭，当面厉声呵斥：
“高明（李承乾乳名）吾儿！
你已身居太子之位，我也没有废立的想法。
你有腿疾，我也没觉得你不能胜任皇帝之位！
你为什么等不及，妄想聚众逼宫，还谋杀你弟李泰？”
李承乾事败被抓，心如死灰，反而无所顾忌地笑了。
他大胆狂妄地反问李世民：
“父皇您自己不清楚吗？
我大伯李建成被你射杀，我四叔李元吉不也死在你手里？
我还不都是跟您学的？”
李世民见李承乾如此是非不分，善恶不辨，深感痛心疾首。
李世民气愤地说：
“高明！
这些年我疼你，看重你！你却叫人痛心失望！
三千年华夏文化你不爱，你崇拜突厥戎狄！
身为国家储君，你不体恤百姓，命人偷老百姓家牛羊做烧烤！
你沉迷声色歌舞享乐，不能有所节制！
你心里没有天下百姓，只有你的女宠“俳儿”，男宠“称心”！
你把敌我搏杀对决、残酷征战当成好玩的游戏玩耍！
我若把国家社稷托付给你，天下百姓将灾难无边！”
李世民气得边说边流眼泪。
李承乾看见他爹哭了，又磕头说道：
“我是一国太子，哪能还有别的奢望？
我弟李泰整天算计我，争夺我的太子位，多次诬告陷害我。
这样我才和我的东宫臣僚，商议自安自保。
都是东宫臣僚给我出主意，想着除掉李泰，逼父皇退位。
我一时被迷惑，今天愿意承受死罪。
只是我被处死，我贼弟李泰，就会得逞心愿被立为太子。
这样我死了也对他心怀怨恨！我化作鬼也要弄死他！”
李世民听他这样说，更加愤怒无语。他看了看左右侍臣，说道：
“李承乾犯了谋反大罪，该如何处置？”
群臣心里暗想：谋反是死罪啊，这还用问？回复该处死李承乾吧，不行，肯定违反了皇上意愿。
建议免杀李承乾，也不行。谁提谁就是公然主张徇私枉法。
大家都你看我，我看你，谁也不说话。
通事舍人来济这时想：皇帝肯定不想背徇私枉法恶名，又不忍心杀儿子，盼着有人站出来劝他别杀太子呢，于是他说：
“人人皆知，谋反死罪，按律当斩。
陛下您是遵法国君，同时又是皇子的慈爱父亲。
如果能够让太子得以终享天年 ，便是情与法两面兼顾了。”
李世民于是传诏废李承乾为庶人，软禁在左领军府中。
当下搜捕太子党羽，把李元昌、侯君集、李安俨、赵节、杜荷全部抓住，一个一个地审讯。
李元昌无可抵赖，当即认罪。
李世民不忍心杀他，打算给他减罪免死。
高士廉说：“不能因为亲情，废弃国法。”
李世绩说：
“汉王李元昌，游手好闲，做事荒唐离谱。
他纵情声色犬马，醉心吃喝玩乐，不干正事，应予严惩。”
争论再三，李世民决定赐令李元昌自尽。
侯君集初次受审不服，大喊：
“我虽心怀不满，但无谋反行动，不足以定罪。”
李世民宣诏侯君集女婿贺兰楚石当庭对质。
贺兰楚石把李承乾如何安排他捎话召见侯君集，李承乾和侯君集如何密商除掉魏王李泰的事说了一遍。
侯君集这才无话可说低下头来。
李世民对群臣说：
“侯君集有功于国家，可否换他免死？”
群臣齐声说：
“侯君集犯下大逆不道谋反罪，如何赦免死罪？\"
李世民含泪对侯君集说：
“今天为守护国法权威，我要和你诀别了。
以后我去凌烟阁看见你的画像，怎么能不感到痛心？”
说完李世民流下眼泪。侯君集也趴在地上恸哭。
行刑官不便徇私情，牵押他到街市斩首。
临刑时，候君集对监斩刑吏说：
“我本不想造反，因心怀不满才这样，我为皇上平定吐谷浑、高昌两个国，立下功劳。
请转奏陛下，求他给我留下一个儿子别处死，让他做侯家的根苗流传后代，这样家里还有人给我上坟。”
行刑官吏答应下来。
行刑完毕，刑官向皇上复命，并且转述了侯君集死前请求。
李世民于是赦免侯君集妻子儿子死罪，改为流放岭南。
李安俨、赵节、杜荷三个人，也已审讯坐实谋反罪，当即斩首行刑。
左庶子张玄素，右庶子赵弘智、令狐德棻，因为不善管教规劝太子，削去官职回家。
因于志宁此前多次劝谏太子，李世民对他予以褒扬，毫不加罪。
纥干承基释放出狱，任命为佑川府折冲都尉，平棘县令。
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