隆安三年（399年），晋安帝追尊母亲陈归女为德皇太后。
隆安四年（400年），晋安帝的祖母李陵容去世。
隆安五年（401年），沮渠蒙逊杀段业，自号大都督、北凉州牧[12]，正式建立北凉政权。
大亨元年（402年），以后将军司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之为前锋，前将军、谯王司马尚之为后部，讨伐桓玄。桓玄在姑孰打败其军，谯王司马尚之、齐王司马柔之被桓玄所杀。
大亨二年（403年）八月，桓玄自称相国、楚王。
大亨二年十二月壬辰日（404年1月1日），桓玄篡位，改国号为楚，史称桓楚，贬晋安帝为平固王。
建始元年（404年），建武将军刘裕率沛国刘毅、东海何无忌等举义兵讨伐桓玄，斩杀桓玄部将徐州刺史桓修、青州刺史桓弘、吴甫之、皇甫敷等，大挫桓玄军。
义熙元年（405年），游击将军、章武王司马秀与益州刺史司马轨之谋反，兵败被杀。
义熙二年（406年），益州刺史司马荣期在白帝打败西楚政权将领谯子明。
义熙三年（407年），刘裕诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球等人。
义熙四年（408年），梁州刺史杨思平有罪，被弃市（在闹市执行死刑并将犯人曝尸街头的一种刑法）。
义熙五年（409年），车骑将军刘裕在临朐大败慕容超；西秦复国；冯跋杀高云；北魏道武帝被子拓跋绍所杀。
义熙六年（410年），东晋灭南燕。
义熙七年（411年），右将军刘藩在始兴，杀叛军徐道覆，并将其首级传到建康[23]（今江苏南京）。
义熙八年（412年），晋安帝皇后王神爱去世。
义熙九年（413年），晋将朱龄石攻克成都，杀反晋义军首领谯纵，谯纵的西蜀政权就此灭亡。
义熙十年（414年），西秦灭南凉。
义熙十一年（415年），刘裕与叛军司马休之战于江津，司马休之大败，逃奔襄阳。
义熙十二年（416年），刘裕与琅邪王司马德文率军，攻打后秦国主姚泓。
义熙十三年（417年），刘裕北伐，占领后秦都城长安，后秦皇帝姚泓投降，后秦灭亡。
义熙十四年十二月戊寅日（419年1月28日），晋安帝被杀。
历史评价
房玄龄等《晋书》：①“安帝即位之辰，钟无妄之日，道子、元显并倾朝政，主昏臣乱，未有如斯不亡者也。虽有手握戎麾，心存旧国，回首无良，忽焉萧散。于是桓玄乘衅，势逾飙指，六师咸泯，只马徂迁。是以宋高非典午之臣，孙恩岂金行之寇。若乃世遇颠覆，则恭皇斯甚。于越之民，讵熏丹穴，会稽之侣，宁叹人臣。去皇屋而归来，洒丹书而不恨。夫五运攸革，三微数尽，犹高秋凋候，理之自然。观其摇落，人有为之流涟者也。”；②“安承流湎，大盗斯张。恭乃寓命，他人是纲。犹存周赧，始立怀王。虚尊假号，异术同亡。”
《晋书·安帝纪》称“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出”。
《资治通鉴》称“安帝幼而不慧，口不能言，至于寒暑饥饱亦不能辨，饮食寝兴皆非己出”。
从小到大，从生到死，晋安帝没说过一句话，不知饥饱，不辧寒暑，吃喝拉撒一概不能自理，大小事务全靠别人照料。
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