永初二年（421年）九月，刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，就叹道：“要毒杀主君去让自己活下去，不如死了！“竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀后，谥号恭皇帝，十一月辛亥（12月16日），葬于冲平陵，刘裕带领文武百官亲临送葬。
历史评价
房玄龄等《晋书》：①“帝幼时性颇忍急。”②“安帝既不惠，帝每侍左右，消息温凉寝食之节，以恭谨闻，时人称焉。”③“安承流湎，大盗斯张。恭乃寓命，他人是纲。犹存周赧，始立怀王。虚尊假号，异术同亡。”
④“若乃世遇颠覆，则恭皇斯甚。于越之民，讵熏丹穴，会稽之侣，宁叹入臣。去皇屋而归来，洒丹书而不恨。夫五运攸革，三微数尽，犹高秋凋候，理之自然。观其摇落，人有为之流涟者也。”
胡三省：“自是之后，禅让之君，罕得全矣。”
轶事典故
射马
司马德文年幼时颇为残忍急躁，在琅邪国时更曾命擅长射箭的人射击马匹作为娱乐。当时有人说：“马是国姓，而你自己就去杀它，这是很不祥的事呀！”司马德文明白此言，亦甚为后悔。
信佛
司马德文信奉佛教，曾下令打造了一个高一丈六寸的黄金佛像，并亲身到瓦官寺迎其上位。
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