君臣和好的第二天，铁锅就下诏，加封孛罗帖木儿为中书右丞相，节制天下兵马，还加封老的沙为中书平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。
铁锅让孛罗帖木儿一人独相，将朝中政事皆托付给他。
同时，铁锅还派使者，给王保保下了一道圣旨。
大致的意思就是说，你和孛罗帖木儿都是朕的股肱之臣，理应从今起尽释前嫌，携手中兴帝业。
经过铁锅几次派使者苦心相劝，王保保到了至正二十四年八月，终于罢兵。
和王保保相争的第三回合，孛罗帖木儿两次进军逼宫，摇身变成右丞相，胜出。
而在这时候，朱元璋刚刚消灭陈友谅的大汉政权，将南方大部分地盘收入囊中。
现在，朱元璋在南方只剩下张士诚一个对手。碰巧的是，两人都是吴王。
不同的是，朱元璋的吴王是小明王下诏册封的；而张士诚那个，是自封的。
也就是说，孛罗帖木儿和王保保的反复内战，已经错过了南征的最好时机。
孛罗帖木儿独相后，采取了两项改革措施，既大快人心，也对日益艰难的帝国财政有缓解的作用。
第一是请诛狎臣秃鲁帖木儿，并将大情法王及圣女们逐出京城。
这秃鲁帖木儿和大情法王专门强抢民间良女，藏于寺庙，以天魔舞等蛊惑君主。世人多为不耻。
故秃鲁帖木儿被杀，人人都叫好。
第二是停止皇家正在兴建，或准备兴建的宫殿，裁汰朝中冗员和宫中宦官，禁止京城中做法事，以减少国库开支。
而铁锅就像变了个人似的，对孛罗帖木儿言听计从。看来，大军阀的话还是比御史们好使。
但孛罗帖木儿杀秃鲁帖木儿，驱逐大情法王，却让太子爱猷识理达腊对他更加深恶痛绝。
因为，太子对藏传佛教密宗之法的沉湎程度不比铁锅浅，同样宠爱狎臣秃鲁帖木儿。
以前在宫中时，爱猷识理达腊还曾经感慨说道：“李先生教我读儒书许多年，我不省书中何意。西番僧教我佛经，我一夕便晓。”
孛罗帖木儿作为臣子，强行采取的系列改革措施，在太子眼中，是进一步挑衅皇权的表现。
于是，铁锅几次派使者请太子率军回京，都被爱猷识理达腊拒绝了。他有他自己的想法。
至正二十五年三月初，爱猷识理达腊以皇太子的身份下诏给王保保、李思齐等军阀及蒙古诸王，令他们听从王保保的调度，一起讨伐在京城的中书右丞相孛罗帖木儿。
四月起，王保保再次向孛罗帖木儿进攻，纷争又又又起！
孛罗帖木儿不甘示弱，派手下部将率军迎战。双方激战三个月，孛罗帖木儿这边是胜少败多，手下大将保安被杀，姚伯颜不花被擒。
一怒之下，孛罗帖木儿将太子他妈——奇皇后囚禁起来，并以此要挟太子。但爱猷识理达腊根本不理会，继续督促王保保进军。
这时候的爱猷识理达腊不但想要除掉孛罗帖木儿，还想效仿唐肃宗架空唐玄宗，甚至想将铁锅取而代之。
就在北方不知第几次陷入内战的时候，有个人准备出手了。
这个人便是宫中的宦官首领赵伯颜不花。他既受到奇皇后母子恩宠，又和朴不花交好。
孛罗帖木儿裁汰宫中宦官，杀朴不花，软禁奇皇后，让他怀恨在心。
在暗中请示奇皇后之后，赵伯颜不花招募了金那海等六名武士，藏匿在宫中，准备对孛罗帖木儿下手。
七月初五，孛罗帖木儿收到秃坚帖木儿的捷报，说是前几天打退了蒙古诸王的联军，收复了元上都。
孛罗帖木儿很高兴，和往常一样，与老的沙入宫，准备向铁锅禀报此事。
走到延春阁时，金那海等六名武士冲出来，刺死了孛罗帖木儿。
随行的老的沙身上也中了两刀，但不致命，吓得他赶紧跑出宫外，率领一支队伍，护送孛罗帖木儿父母、妻子北遁。
和王保保相争的第四回合，孛罗帖木儿彻底败了，且永无翻身机会。
在孛罗帖木儿被刺的当月，铁锅再次遣使，召太子还京师，还授权爱猷识理达腊征调天下兵马和全部人事任命权。并加封王保保为太尉、丞相、知院事等官职。
铁锅此举无异于告诉太子和王保保两人，以后这天下就由你们年轻人做主了，你们爱怎么样就怎么样吧。
他大概也是被无穷无尽的内战折磨累了。
孛罗帖木儿死后，他手下拥兵最多的两名大将脱列伯、孔兴，去西北投奔张良弼。
秃坚帖木儿也领一支军队逃向漠南的八儿思。
其余将领要不向王保保投降，要不干脆成为流寇。
对孛罗帖木儿手下部将，元廷区别对待，处置不同。
由于有张良弼的庇护，太子只是下诏要求脱列伯、孔兴等人听从王保保调度，并没有继续深究。
而老的沙、秃坚帖木儿这两人，太子不打算放过，继续举兵讨伐。直至二十五年底，老的沙、秃坚帖木儿先后兵败身亡。
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