秦王明辨是非，果断地采纳了李斯的建议，立即取消了逐客令，李斯仍然受到重用，被封为廷尉。
这时，即将被杀的郑国也向秦王进言：韩国让秦国大兴水利建设工程，当初的目的是消耗秦国实力，但水渠修成之后，对秦国也是有利的。尽管兴修水利，减轻了秦国对东方各国的压力，让韩国多存在几年，但修好渠却“为秦建万代之功”。秦王觉得郑国的话有道理，决定不杀郑国，让他继续领导修完水渠，这就是后来闻名于史的郑国渠，它对发展繁荣秦国的经济，起到了一定的作用。
经过这一次反复，秦国仍旧坚持招揽和重用外来客卿的传统，这些外来的客卿在秦国统一中国的过程中发挥了重要作用。
在取消逐客令不久，魏国大梁也来到了秦国。当时的形势是，秦王已经除掉内部的反对派吕不韦等，大权进一步集中，积极向外扩张，东方各国都个个自危。尉缭向秦王建议说：当前，以秦国的力量消灭东方各国是毫无问题的。但是，如果各个诸侯国联合起来，合纵抗秦，结果就很难说了。因此，不要吝惜财物，向各国掌权的“豪臣”行贿，破坏他们的联合，只用三十万金，就可以达到兼并各个诸侯国的目的。秦王采纳了尉缭的计谋，在同各国进行斗争的过程中，不少次是用此策而取得胜利的。当然，秦国的反间计是以武力为后盾的，正如李斯所讲：“不肯者，利剑刺之”。
秦国坚持接纳、使用客卿的政策，对其经济、政治、军事、文化的迅速发展，都做出了积极的贡献。如秦始皇时代的客卿就有：王崎、尉缭、李斯、李信等。李斯的《谏逐客书》，对秦网罗天下人才是有功绩的。
正当李斯步步高升的时候，秦王却十分喜韩非的才华。韩非和李斯是同学，他继承了荀子的学说，并在此基础上，把的“势”，商鞅的“法”，申不害的“术”结合起来，并加以丰富和发展，形成了一套完整的君主专制理论。韩非是战国末期的一位大思想家，学问比李斯大得多。韩非因说话口吃，不善辩说，但善于着述。韩非回到韩国以后，看到韩国太弱，多次上书献策，但都未能。他的书传到秦国，由于讲的都是“尊主安国”的理论，秦王非常赞赏韩非的才华，并说：“我要是能见到此人，和他交往，死而无恨。”不久，因秦国攻韩，韩王不得不起用韩非，并派他出使秦国。秦王很喜欢韩非，但还没有决定是否留用。李斯知道韩非的本事比自己大，害怕秦王重用他，对自己的前途不利，就向秦王讲韩非的坏话。他说：“韩非是韩王的同族，大王要消灭各国，韩非爱韩不爱秦，这是人之常情。如果大王决定不用韩非，把他放走，对我们不利，不如把他杀掉。”秦王轻信李斯的话，把韩非抓起来。根据秦国法令的规定，狱中的囚犯无权上书申辩。韩非到秦国以后，又得罪了。姚贾为秦国立过功，深得秦王的重用，被任命为上卿。韩非却向秦王说，姚贾出身不高贵，当过大盗，在赵国做官时被赶跑了，认为用这样的人是很不应该的，使得秦王很扫兴。事后秦王又向姚贾问起韩非，姚贾当然不会讲韩非的好话。在李斯和姚贾的串通下，韩非没有办法，只好吃了李斯送来的毒药，自杀而死。从此以后，李斯没有对手，更可以施展自己的才能，为秦王统一六国出谋划策了。郡县制与焚书秦王政二十六年（前221年），秦王结束了长期分裂的割据局面，统一了中国，建立了一个东到大海，南达岭南，西至甘青高原，北至今内蒙古、辽东的空前的封建大一统国家。秦王，这时已称为秦始皇了。为了巩固这个封建统一的国家，李斯也是做了一定贡献的。
秦统一以后，丞相王绾首先提出全国地方太大，难以管理，要求象周代那样，封秦始皇诸子为王。秦始皇召开群臣会议讨论，群臣都赞同王绾的意见，只有李斯提出不同的意见。他说：周封的子弟很多，后来一个个都疏远了，互相视为仇敌，经常发生战争，周天子也不能禁止。现在天下一统，应实行郡县，天下才得以安宁。秦始皇也认为，天下已经统一了，再立许多国，不利于统一，安宁也没有保障，所以支持李斯的意见。郡以下为县。郡县制比之分封制是一个进步，有利于国家的统一。
秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在称颂秦始皇时，博士很不知趣，向秦始皇说：殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给子弟和功臣。现在天下如此之大，宗室子弟没有封地，和百姓一样、六卿之变，又有谁来相救呢？凡是不以古为师而天下能长久的，没有听说过。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。他认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效法。那时候诸侯并列，互相争夺，情况完全不同，不必效法古代。现在的一些儒生总讲古代如何如何好，这是以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。
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