至于三岛上，丁奉和太守来到宫古岛后，就从太史慈手中接过防守大权，太史慈乐的如此，迅速交接完毕，给丁奉留了一支五十艘的小舰队后，带领其余船只前往周瑜驻扎的地方了，打仗才是他的拿手好戏，这处理政务，他实在是弄不来，还有防守任务他也不想做，有丁奉接手，他乐得清闲。
周瑜在大明来人交接了防务后，就开始整军备战了，皇帝给了他海外一切军事权利。
如今消灭了海盗后，除了运输船外，战船已经增加到四百多艘了，其中五层楼船一艘，四层楼船十艘，三层楼船四十艘，二层楼船近百艘，周瑜只留了八十艘作战用，其余二十艘已经被周瑜打发去护卫运输船了。
其余艨艟，走轲，先登等中型战船三百多艘。
周瑜把舰队分为六队，甘宁带领二十艘双层楼船，再配备了一些艨艟走轲作为运输船的护卫队，这支舰队有兵力三万人。
其余船只分四队，主队由周瑜亲自指挥，韩当为副指挥，由一艘五层楼船，两艘四层楼船，十二艘三层楼船，二十四艘双层楼船，还有上百艘中型战船组成主舰队。水军，海军陆战队，水手等加起来有十万人。
其余四队，由两艘四层楼船，七艘三层楼船，十四艘双层楼船，再各配五十艘中型战船组成，每支舰队有水军，海军陆战队，水手加起来近三万人，现在大明水军全部加起来有二十二万之多，比刚开始出发时候还多，不足的人数都是周瑜在海盗和矿工里挑选出来的。
海盗里也不全是穷凶极恶之辈，周瑜给了他们一个机会，如今他们只是备用人员，表现的好才会转为正规军。
丁奉带领一支舰队驻守宫古岛，这里是进入南海的前站，非常重要。
周泰带领一支舰队驻守舟山群岛，这里将是以后进攻三韩和朝鲜半岛的前沿基地。
其余两队由太史慈和凌统带领，跟随主舰队作战。
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