这还没完，更大的威胁来自副巢底层。在主角之前指挥开挖的纵横交错的明渠的引导下，地面上大滩大滩的积水流淌着，顺着十条最大的隧道灌进了副巢的最底部。副巢最底部的一些铺道蚁开始还在奋力抢险，底层偏僻之处的水势也没有引起处于靠上位置的铺道蚁大王们的重视。
但是在地面源源不断的流水的补充下，底层的水位快速上升，几名在底层指挥救灾的铺道蚁王突然绝望的发现他们被升高的水位给逼到了死胡同里，一点点的被淹没。快速升高的水位在大部分蚂蚁还毫不知情的情况下就淹没了他们所处的位置，连逃走的通道都已沉入水下，这彻底断绝了不识水性的蚂蚁的生机。
雨点将树叶做成的挡雨蓬打的噼啪作响，这个望台随时可能被风雨摧毁。主角只好退回了基地巢地下，虽然他看不见副巢内部的水患，但是大量的雨水奔涌着灌入副巢的场景他都看见了，他知道这个副巢已经完了。
这场大雨就好像是老天在帮助主角，一直下了一天一夜没有停歇，即便雨势稍稍和缓，又很快会变得风急雨骤。即便专门考虑了防雨的基地巢也遭遇了渗水，但在积极有效的抢险后并未造成太大威胁。
等到第二天中午太阳彻底驱散了乌云，大头蚁远征军才再次出动。靠近副巢的地带大部分变成了泥泞的泽国，这次大部分军团都没出动，只有十支军团排成纵队，小心的沿着水泽之间较为干燥的土地一步步靠近了副巢的出入口。
至于当初挖出的隧道已经全部变成了灌满水的深洞。
在出入口处，还有少部分满身泥泞的铺道蚁挣扎着反抗，但是很快就被大头蚁远征军给消灭了。各个小队分散到副巢内部的隧道里探索，很快就纷纷将情报回馈给了主角。
由于所有的前进路径都还有大量积水没有退去，各个小队只好撤了回来，斥候们回报副巢里的水面上铺满了铺道蚁的尸体，有蚁王也有工蚁，在水灾造成的死亡面前，他们无比的平等。
由于无法探索被积水覆盖的区域，主角只得暂停了探索，不过副巢内水灾严重成这样，也不会有多少敌人能够幸存下来。
每隔一两个小时，主角就会派若干个小队下到副巢内部探索。随着时间推移，副巢的水位也在逐渐降低，露出了越来越多的铺道蚁的尸体，很多铺道蚁尸体成百上千聚在一起，塞满了地势较高的巢室内部，他们是在躲避越来越高的洪水时走进了死胡同，最终难逃灭顶之灾。也有少数幸运的铺道蚁躲在由于气压或地势原因而没被淹没的地方，但是他们的数量和体力都不足以抵抗养精蓄锐的大头蚁战士，迅速就被剿灭了。
一直到了第二天，副巢所有地方的积水才全部被排走，大头蚁军队搜索完了所有的通道，将侥幸未死的铺道蚁全部处决了。主角并没有阻止这种行为，他曾经想要与一只受伤无法反抗的铺道蚁王交流，但是对方传过来的只是无穷无尽的憎恨的情绪，主角只好把他杀了以绝后患。
但是出于某种原因，主角让神使王军团搜集了一批没有被水浸泡的蚁卵，带回了神使王军团的基地巢。
至此，铺道蚁蛮族军在上个冬季攻占的最后一个副巢，驻扎有十万大军和十只蚁后的军事要塞，在抵抗了不足十天之后就被攻克，铺道蚁蛮族军十余万蚂蚁全军覆没，而大头蚁远征军仅仅付出数千伤亡的轻微代价，可谓大捷。
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