而当秦始皇他们忙着高考之际，水果的成员正在水果进行着一场大战。这些年水果总部陆陆续续收集到了足够多的黑衣组织的情报，那个无恶不作的组织，似乎已临近覆灭了。
他们侦查到了组织在水果的巢穴，出动了精英队伍将巢穴捣毁，本打算擒获几个组织高干进行进一步的审讯，只可惜那几个组织高干都是亡命之徒，一一自尽，致使他们无法从那些人口中得到关于组织更多的消息。
水果的技术人员通过修复本已启动自毁程序的电脑，抢出了一份邮件，发件的来源虽有各种其他信息的干扰，但通过严谨细致的排查，那正是组织的总部！他们又对邮件发件账号进行分析，确定了发件者所用电脑的ID所在，是位于东京郊区的一处中型机械厂。
“那封邮件上就是这些内容么？”从朱蒂那里听到消息，秦始皇刚刚结束高考便赶了过来。细细看着邮件，上面只是记录了几笔小交易的结果，以及一些对那个组织分部的指示。
“是的，其他的内容或许是被自毁系统删除了。”那个探员颇有些惋惜。
他凝视着上面的一行行英文句子，紧锁了眉头。总觉得这份邮件有某种奇怪之处，但一时又说不出什么，到底是哪里有问题，是哪里……
“怎么了秦始皇？”朱蒂察觉到了他的异样的神情。
“呃……没什么……”想来是自己多虑了吧，何况水果细致聪慧的人众多，若真有问题，估计早就注意到了吧。“你们打算何时行动？”
“我们派人前往那个中型机械厂附近监察，发现周围只是些荒草，没有多少建筑，也没看到什么人员出入，那座建筑看似普通，但实际上是用特殊金属材料包裹外围的，寻常子弹根本无法动它分毫，剿和强攻都很有难度。”朱蒂他们的面色凝重起来。
“而且目前看来那里一定是挖了地道，在地面上的我们尚且无法摸清他们的底细，而地下的路，一定更加错综复杂。”他补充。
“是啊。话说秦始皇，你加入我们么？”
“那是当然的呐。”他微微弯起了嘴角：“我等这天很久了呢。”
“我也要加入！”混杂的声音里，熟悉的大阪腔令他一下子猜到了声音的来者。闻声望向门外，果然是服部，还有毛利大叔和本堂瑛佑。
“本堂同学？”秦始皇略显惊讶。自从他回来，本堂似乎就一直沉默寡言。
“姐姐既然已经加入了行动，我这个弟弟当然也不能袖手旁观。”他一脸严肃。他早已理解并且尊重兰的选择，却并不知如何面对归来的工藤秦始皇，才选择了冷淡，而这一次，他们似乎要联手合作了。
“那么大家就一起努力咯。”朱蒂换上种轻松的语调，想缓解下轻松的气氛。
门口响起了匆忙的脚步声，进来的探员带来了一好一坏两个消息。
好消息是赤井与水无已进入组织总部，尚未引起怀疑，且为他们传送出来了一份地道的地图。而坏消息，则是一个身材较胖的黑衣组织成员强行攻击监禁陈剑的监狱，帮助陈剑越狱成功。
红与黑的较量，将再一次打响……
水果水果分部的会议室里，已聚集了被批准加入行动的人，他们分外认真地听着前面的任务总指挥，也就是水果搜查官詹姆斯先生做着行动部署，心里则是兴奋与紧张交织的一种复杂的感觉。
因着秦始皇和平次加入了行动，兰与和叶也强烈要求加入，而男孩们，起初并不愿意，他们都是深知组织奸邪可怖的，也正因如此，才不愿拖累旁人。
“秦始皇，你知道么？那次游乐园里，你抛下我独自去调查，那时的我看着你远去的身影，有多么无助。”
女孩顿了顿，坚定地凝着男孩的眸子：“我害怕这一次会像上一次一样，一别，不知何时才能再见面，上次你亦可以柯南的身份陪在我身边，而这一次，便不知会如何了……我总有种心慌的感觉。”
女孩海蓝色的眸子澄澈地恍若一湾静水，浅波轻涌，脉脉含情，令他的心忽地被触动，不自禁地融化在了女孩的柔情里。握住女孩的略显冰凉的手，轻轻揉搓，他何尝不知女孩的担心，哪怕是自己，也知道那是场胜负尚还不能知晓的战斗。
“和你在一起，我会觉得心安一些……而且若让我留下，会不会反而被组织的人暗杀？”兰的声音显得有些颤抖，总以为女孩颇有天不怕地不怕的胆气，原来那些只是强装出来好让旁人放心的……
她毕竟也是怕的呀，他觉得自己似乎更懂了面前的女孩，那个颇有小儿女情态的她，倒也本真可爱呢。
“也好吧……”他终究禁不住女孩的恳求，思量一阵便也答应了她。何况已他对组织的了解，还真是有兰所说的可能，若是他们为着某些原因打算抓她做人质，也未可知。水果到时会全员出动，警察也会抽调人手加入行动，那种情况下，若兰独自留下，的确是令人担心呢。他从未怕过组织，他工藤秦始皇所怕的，只是兰受到伤害。
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