表面上来看，三人联盟又牢不可破了，但局势却变得越发微妙了起来。
司马元显虽然没有达到预期目的，但他的离间计还是有了较大的成效，荆州三人联盟已经不再互相信任，产生了不可弥补的裂痕。
当然他们也不会完全相信朝廷，各自有了各自的小算盘。
桓玄勇略过人，能打仗，但手里没兵。
杨佺期有野心，更有万夫不当之勇，但在荆州没有威望，也没有兵。
殷仲堪手里有兵，但不会打仗，如果战事一起还得需要他俩，又不敢轻易把兵权放出去。
于是殷仲堪想出一个办法来，那就是他稍稍退一步，提议三个人互相交换儿子做人质。
桓玄和杨佺期也不敢不答应，毕竟自己的家人都捏在殷仲堪手里。
九月二十三日，他们决定一致拒绝接受朝廷的任命和指挥，并且联名向朝廷上了一道奏章，为王恭申辩说理，要求为他平反，恢复名声，装殓棺椁，送葬于鸡笼山陵园。
再请求朝廷诛杀刘牢之以及谯王司马尚之，以告慰王恭等英烈在天之灵。
最后质问朝廷，殷仲堪没有罪过，为什么独独被降职贬黜到岭南的广州。
奏章到了司马道子、司马元显父子手里，两人非常惧怕，他们俩以为荆州三人联盟没有被瓦解，急召众文武大臣来到太极殿上商讨。
最终在大家的商议下，决定罢免了桓修的官职，把荆州又还给殷仲堪管辖，并对他特别下诏，好言相慰，希望以此求得和解。
殷仲堪等人这才接受诏书。
由庾楷主导的王恭、殷仲堪这场“清君侧”事件经历了一个多月，告一段落。
司马元显大获全胜，不但摆平了庾楷和王恭，还给荆州三角联盟埋下了一颗随时会爆炸的雷。
身为高门士族出身，擅长清谈，少年时在建康的殷仲堪就曾说过一句话，“三日不读《道德经》舌根僵硬”，而闻名于世。
但是他除了不擅长统兵作战之外，在政治上也缺乏手腕和远见。
十月初，殷仲堪、桓玄、杨佺期三人在浔阳郡正式缔结盟约，登坛歃血。
殷仲堪感觉在荆州，桓玄声望最高，自他爹桓温一直到桓豁、桓冲、桓石民，龙亢桓氏盘踞荆州四十余载，盘根错节，群众基础雄厚。
决定推举桓玄为盟主。
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