公元352年1月13日，桓温多次申请北伐，其实也是我担心他功劳更大，功高震主，到时候更加管不住他了。我没有允许，他竟然没有经过同意，直接将军队四五万人带走跑到武昌去了，当时我听到这个消息是非常的震惊，抚军司马高崧就以我的名义写了一封信去责问桓温为何私自带兵外出，桓温没有做什么解释，也许是他自己觉得自己的羽翼未丰，所以还是听话的又将军队给带回自己的营地去了。
同年七月份，朝廷要将我升职做司徒，但是我考虑也没有立什么大的功劳，所以就一直推辞没有接受。还有个原因就是我提拔的殷浩一点都没给我长脸，本来指望他与桓温抗衡，至少他先立点功劳，桓温多次申请我没批准，殷浩却是要钱给钱要粮给粮，但是最后的结果却是败仗连连，粮食军械都被打光了，上下已经开始对殷浩抱怨不断。
公元354年，桓温利用朝廷上下对殷浩的不满，上书弹劾殷浩，用现在的时髦的话就是殷浩被桓温投诉了，告状了。迫于朝廷内外的压力，我没办法最后只好罢免了殷浩，但是这一罢免就导致我的抗衡桓温的政策彻底失败了，也从此朝廷再也没有一个像样的人能够真正抵抗桓温了，于是内外军政大权都集中到桓温的手里面去了。
公元358年，晋穆帝已经二十岁了，我就想该让晋穆帝亲政了，而且和桓温抗衡这么多年，最终失败告终，也有点心灰意冷，而且本来我的目的不在于政治，我就像做个文艺青年算了。
但是最后晋穆帝就是不肯接受，非要让我继续支持他、
公元365年的时候，我听说冠军将军陈佑要放弃洛阳，于是我就和桓温在洌洲见面，共同商讨讨伐他，但是方案还没成型，结果司马丕就人生游戏彻底结束了，随后褚太后就让司马奕做了皇帝，但是将我封为琅琊王准备随时接班，看这样大家对司马家的短命，内心都是有准备的。
公元366年10月，我再次升职了，丞相，录尚书事，入朝不拜，见皇帝不用叫自己的名字，可以带剑上朝，大家看到这个封赏是不是很眼熟，好像很多权臣都是这样被封最后走上皇帝宝座的，比如我们前面提到的曹操同志。可惜我却没有他的能力和势力。
所以我是坚决不肯接受。
殷浩北伐失败被贬后，桓温终于迎来了他的机会，他开始北伐，但是还是失败了。公元370年11月25日，我和桓温在他北伐失败后，一起在涂中见面，商议后续的行动计划，希望能有个好的行动方案。但是见面我才慢慢体会到桓温的霸道，说是商议实际上根本就没有按照商议的计划走，只能说桓温也不再年轻，已经没有了之前的斗志，也有可能他失败了，害怕了，总之基本上后续的北伐基本没有，他就是在朝廷内开始弄权了。
公元372年1月6日，司马懿被桓温废掉，当天就率领文武百官到我家强迫我登基，我在那一刻是真正的害怕了，也担心着，你们说我是想当皇帝吗？真心不想，这不是我和桓温计划的结果，这是桓温给我的一个意外惊喜了，我当时就面朝北方流泪叩拜，我是真的为我的后来担忧了。随后更换服装在桓温的注视下接受皇帝的玉玺帽子等，当天就即位做了皇帝。桓温就住在中堂，一直派着士兵守卫着。
后来桓温想向我解释他为什么要废立皇帝，但是每次我见到他的时候，我就忍不住的流泪，为我司马家的未来担忧，也是不想听他的解释，因为他解释了，我不知道怎么来回应，其实我当时有点没认清形势，至少我在朝廷还是有点威望和势力的，那时候如果我按照丹阳尹刘惔的建议先贬低桓温，将他的权力削掉点，还是有机会的，可是我全然没有想到，只顾焦虑了，为晋朝的未来，也为我自己的未来而焦虑。桓温当时看我这样子，竟然非常的害怕，害怕我找他茬，于是我们二个人就在互相惧怕中度过。
我因为害怕不敢有所作为，基本上当皇帝就是虚度光阴了，反而没有了做大臣时候的锐气和作为了。
长期处于恐惧中的人可想而知，身体怎么能好，所以很快我就生病了，到372年的9月7日，当皇帝还没一年的我，就彻底卧床不起了，于是我就派人请桓温来，桓温竟然我连续派人请他四次，他都没有来，9月12我是彻底不行了，于是我就立我的儿子司马曜做了太子。临去世的时候，我不放心还是写个诏书，内心非常痛恨和害怕桓温，但是却不能抛开他，没见到他，但是还是留下文字，希望他能够依据周公例照顾辅佐我的儿子，最后想想又学了刘备那招，就是写道：如果觉得我的儿子不能辅佐的话，那你可以直接自己取代他做皇帝好了，可惜的是我不是刘备，桓温也不是诸葛亮。但是当时的中书令王坦之当我的面就将我这个诏书给撕掉了，我说晋朝是只不过是靠运气获得的，你对这个不满吗？王坦之说：晋朝天下那是宣帝司马懿和晋元帝司马睿辛苦建立的，您怎么能说送人就送人呢。于是我只好让王坦之又重新改写了诏书，大概意思国家大事都禀报给大司马，就像诸葛亮和王导那样子。
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