丞相制的废除，虽然使皇权得到了加强，但同时也带来了新的问题。天下大小政务皆决于皇帝，大大增加了其工作负担。自从废了丞相后，朱元璋每日要处理奏章有两百余份，涉事四百余件，从早忙到晚，真可谓头顶星星去，身披月亮归，每日仅能休息两个时辰左右。亏得朱元璋从小吃苦耐劳，长大后从军，身子骨硬朗，否则还真抗不住。饶是如此，朱元璋还是在废除丞相不久后，便设立了四辅官（正三品），协助处理繁多的政事。但是这些被选为辅官的耆老宿儒，虽然学识渊博，但是在政务处理上却不擅长，而且体力、精力不足，不能担当重任，没过多久就纷纷致仕。四辅官的设置仅仅持续了一年便告终结。
但是皇帝的负担还是得减，否则就算是铁人也经不住如此高的工作强度。于是，洪武十五年，设置了华盖殿、武英殿、文渊阁以及东阁等大学士，后又设文华殿大学士辅导太子，皆为正五品。由于朱元璋太过勤政，事必躬亲，这些大学士对于朝政并无决断之权，只是作为皇帝的顾问，提供咨询。
朱棣继位后，提拔了解缙等人为大学士，使其开始参与政务，内阁也从此成了常设机构。但是，内阁中的大臣却都是一些六、七品的小官，诸如侍读、编修一类的翰林官，实权远不及六部尚书。但是作为皇帝的私人咨询机构，常常在散朝后被皇帝召集起来商讨国家大事，办理机要事务，必要的时候还充当皇帝的喉舌，其权势也不容小觑。不过永乐年间的奏章都是由朱棣亲自批阅，阁臣仍无权过问。
而后朱高炽（洪熙）、朱瞻基（宣德）二位，进一步提升了内阁大臣的地位，由五品升为三品。加之“三杨”实乃干才，都掌握了实权，身居尚书之位，从此内阁大臣就成了朝中重臣。特别是朱瞻基创立了票拟制度之后，阁臣的权力得到了再度加强，隐隐居于六部之上。所谓票拟，就是阁臣草拟对各种奏章的处理意见，以小纸条贴在奏折之上，供皇帝参考之用。
由此可以看出，此时的皇帝已经将一部分权力下放给了阁臣，内阁大臣可以处理国家大事，掌握实权。阁臣的票拟往往都得到了皇帝的认可，作为敕旨颁发全国。如此一来，内阁通过票拟制度取得了国事处理权，形成了对六部的优势。而且，为了配合阁臣处理奏疏，内阁机构从光杆司令变成了下辖诰敕房、制敕房，拥有数名中书舍人的完备体制。朱厚熜（嘉靖）在位期间，更是将内阁大臣的朝位班次列于六部之上，内阁取得了对六部的全面压制。
从这个角度来看，内阁首辅大臣就有点儿丞相的意思了。不过，深究内阁形成的原因，其出于皇帝的授意，在皇权的庇护下运作。虽然内阁取得压制六部的优势地位，但是六部并不隶属于内阁，个别的六部尚书还可兼任阁臣，形成了你中有我，我中有你的局面，这就更谈不上从属了。内阁大臣既然是皇帝的顾问，那么其权势的大小全凭皇帝的好恶，亲则权盛，远则权衰。一旦出现了皇帝更亲近、更倚重的群体，阁臣的地位就会受到威胁，恰恰这个群体一直围绕在皇帝身边，只不过在明代尤为突出——宦官（司礼监）。
但是由于朱元璋的限制和严格约束，洪武年间的宦官内侍只是充当服侍人员，并没有接触过朝政，“批红”大权更是连影子都没有。朱标心里想着这个事儿，眼下便宜老爹做得很不错，他没必要插一手。待到自己继位，只要把限制宦官的意图推行下去，形成制度，压制这一群体即可。宦官为祸，从秦之赵高到明代魏忠贤，着实不少，但是有清一代却一个没有，比较出名的也就是李莲英了，但完全没有前代的权势。从这个角度讲，宦官问题是可以解决的，朱标认为此事不急于一时。
再回到文官的问题上，眼下的洪武三年正月，中书省尚在，以宣国公李善长为左丞相，信国公徐达为右丞相。胡廷瑞、廖永忠、李伯升（食禄不视事）和李思齐（食禄不视事）为平章政事，赵庸为中书左丞，王溥、杨宪为中书右丞，陈亮、侯至善为参知政事。而大名鼎鼎的胡惟庸，现在还是太常卿，不过月内就会升迁为参知政事。
与中书对应的御史台，负责纠察百官，以左、右御史大夫为首。汤和为左御史大夫，邓愈为右御史大夫，刘基、章溢为御史中丞，文原吉、范显祖为治书侍御史，安庆为殿中侍御史，钱用壬为经历，何士弘、吴去疾为监察御史。从朱元璋的封官安排可以看出，明显是让淮西和浙东两大集团互相牵制，以便从中取利。中书省内淮西文臣占据主导，而御史台虽然以汤和、邓愈两名淮西武将为首，但其军事任务多，常常不在京师，那么浙东夫子领袖刘基就成了御史台的当家人。两个集团明争暗斗，朱元璋则是隔岸观火，看着他们互相消耗，直到最后被一网打尽。
朱标对于现阶段的文官集团，并没有什么不满。跟随朱元璋打天下的一干人等，封官授爵是理所当然的，立国初期的朝堂上充斥着这些人也没什么好奇怪。首先，中书之首李善长，跟随朱元璋多年，出谋划策，劳苦功高，虽是文臣但也被封了公爵，圣眷之隆仅次于徐达，其人亦无谋逆之心，只不过私心较重，又被视为淮西领袖，处处维护小团体的利益，这样大小事情无论好坏都与他有干系。虽然后来胡惟庸谋乱事败，李善长牵连其中，以致获罪，自杀身亡，但是起码现在的李善长是忠直的，以朝廷为重，也只有他在这个丞相位置上才能压服淮西众人。
而御史台的刘基更是没有什么坏心思，为人正直，以天下为己任，懿文太子对其十分看重，甚至在李善长致仕之后，有意推荐刘基任中书丞相。作为牵制淮西文臣的重要棋子，刘基也被朱元璋所重视，驳回了其多次辞官请求，刘基之死也成了朱元璋对胡惟庸等人痛下杀心的重要原因。
总体而言，目前朝堂上虽有对立，但是相对平稳，对朝政无甚影响。朱标内心是支持废除中书省、丞相制，分权六部的，这样皇权集中便于干大事。但是朱元璋以胡惟庸谋逆之事，牵连了太多的人，杀伐过重，是他所不愿的。如何解开这个局，名正言顺地废除丞相，朱标还要细细思索，好在时间还多得很，足够筹谋周密了。
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