王卫尉说：“要说在自己的职责范围之内，如果有对民众有利的事就为他们向陛下请求，这真是宰相应做的事，陛下怎么竟然怀疑相国接受了商人的贿赂呢？况且当初陛下与楚军相持不下，有几年之久，陈豨、黥布反叛时，陛下亲自率军外出平叛，在那个时候，相国留守关中，如存异心，只要稍有举动，函谷关以西的地方就不属陛下所有了。相国不在那时为自己谋利，如今难道会贪求商人的金钱吗？再说秦皇是因为不知道自己的过错而失去了天下，李斯为主上分担过错的做法，又有什么值得效法的呢？陛下怎么能用这种浅陋的眼光来怀疑宰相？”刘邦听后闷闷不乐，当天就派遣使者手持符节释放萧何出狱。
萧何本来年事已高，平日一向谦恭谨慎，进宫拜见刘邦时，光着脚走路来表示谢罪。刘邦说：“相国别这样了！相国为百姓请求上林苑中的空地，我不允许，不过是我成了桀、纣那样的昏暴君主，而相国却是贤明的宰相。我故意把相国关起来，是想让百姓们都知道我的过错啊。”
汉十二年四月二十五日（前195年6月1日），刘邦病逝于长乐宫。同年，太子刘盈即位，史称“汉惠帝”。
萧何向来与曹参不和，到萧何病重时，汉惠帝刘盈亲自来探望萧何的病情，顺便问他：“您百年之后，谁可以继代您的职位？”萧何回答说：“最了解臣下的莫过于君主。”刘盈又问：“曹参怎么样？”萧何叩头说：“陛下找到合适的人了！臣死而无憾了！”
萧何购置土地房屋一定选择贫穷僻远的地方，营造宅第也从来不修建围墙。他说道：“后代子孙如果贤德，可以效仿我的俭朴；如果不贤无能，这种房屋也不会被有势力的人家所侵夺。”
汉惠帝二年（前193年），相国萧何去世，谥为“文终”。
历史评价
刘邦：“夫运筹策帷帐之中，决胜于千里之外，吾不如子房。镇国家，抚百姓，给馈饟，不绝粮道，吾不如萧何。连百万之军，战必胜，攻必取，吾不如韩信。此三者，皆人杰也，吾能用之，此吾所以取天下也。”
鄂千秋：“郡臣议皆误。夫曹参虽有野战略地之功，此特一时之事。夫上与楚相距五岁，失军亡众，跳身遁者数矣，然萧何常从关中遣军补其处。非上所诏令召，而数万众会上乏绝者数矣。夫汉与楚相守荥阳数年，军无见粮，萧何转漕关中，给食不乏。陛下虽数亡山东，萧何常全关中待陛下，此万世功也。今虽无曹参等百数，何缺于汉？汉得之不必待以全。奈何欲以一旦之功加万世之功哉！萧何当第一，曹参次之。
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