现存的《毛诗笺》也是郑注中的力作。笺与注释不同，笺是宗一家之说而又有所引申发明。郑笺以《毛诗故训传》为主，《毛诗》讲的简略之处，便加以补充，有不同的见解，则另加标明，即“若有不同，便下己意”（郑玄语），实际上也是融会今古经，兼采三家诗说。《诗经》在史学上与文学上都属极重要的一部经典，但由于时代久远，其中许多内容我们今天已经不易理解了。若要真正读懂它，非借助前人的注释不可，而郑笺正是最好的古注本，是《诗经》研究的第一个里程碑。
郑笺的成就是多方面的，简括地说，一是对《诗》义的理解较为深刻和符合原意；二是花大力气点明诗的象征特性，突现诗的文学意味；三是在文字、音韵、训诂、博物等方面取得了相当的成就。汉人传诗有齐。鲁、韩、毛四家，但前三家诗相继亡佚，《毛诗》在魏晋以后盛行，郑玄作笺是起了决定性的作用的。郑玄所注群经，经过长时期的流传，如今保存在《十三经注疏》中的，尚存四部，那就是《毛诗笺》与《三礼注》。在《十三经注疏》中，也以这四部注最为渊博详明，明显优于其他各家。宋人刘克庄有《杂咏一百首·郑司农》称赞《毛诗笺》说：“新笺传后学，古诗在先儒。不拟狂年少，灯前骂老奴。”宋人尊郑玄者不多，但《毛诗笺》的成就却是谁也抹杀不了的。
郑玄注《易》，用的是费氏古文，他把象、彖与经文合在一起，并在其前面加上“象曰”、“彖曰”字样，以与经文相区分。郑氏易学兼采义理、象数之说。在象数学方面，除用互卦、消息等方法外，还力主五行生成说与交辰说。在义理方面，多采三礼的观点，据礼以证易道广大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等项，所注皆与礼经所说相合，这一特点与后来易学义理派的治易特点相通。郑玄所注古文费氏《易》流行，今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了，后世王弼、韩康伯注《易》都用郑玄本，孔颖达《五经正义》即采用王、韩注本，通行至今。
郑玄所注《尚书》用的是古文，但与马融不同，也兼采今文。郑注的《古文尚书》流行，“今文经的欧阳与大小夏侯三家《尚书》”便散失了。至于《春秋》，郑玄本“欲注《春秋传》”，后因与服虔观点多相同，故未成之，但着有驳难公羊家何休的《发＜墨守＞》《针＜膏盲＞》《起＜废疾＞》，表明其扬左氏抑公羊的态度。郑学于魏晋南北朝时极受重视。这也是以后《左传》大兴的一个原因。
郑玄还注释过汉代律令。《晋书·刑法志》记载，秦汉旧律诸儒章句十有余家，魏明帝曾下诏但用郑氏章句，不得采用余家。郑玄还注过《孝经》与《论语》，都有较大影响。至于他注释纬书，并用纬书解经，无论对纬书本身，还是对经今文学、古文学、训诂学，也都是有贡献的。
总之，郑玄以其丰富的着述创立了“郑学”，破除了过去今、古文经学的家法，初步统一了今、古文经学，使经学进入了一统时代，对经学的发展做出了重大贡献。
总的看，郑玄以其毕生精力注释儒家经典，是一位空前的经学大师。从唐代起，其所注的《诗》《三礼》即被视为儒家经典的标准注本，收入九经。宋代又把它列入十三经注疏，长期作为官方教材，是古经典的权威注本。
教育
郑玄遵循儒家经籍中的一贯思想，力主尊师。他指出：尊尊师以教民，而以治政则无过差矣 （《礼记正义》卷二十二）。《诗·周南·葛覃》：言告师氏，言告言归。毛传：言，我也。郑玄笺：重言我者，尊重师教也 （《毛诗正义》卷一）。
郑玄将尊师与重道联系在一起，这是他个人思想的体现。例如：《学记》 大学之礼，虽诏于天子无北面，所以尊师也。郑玄注：尊师重道焉，不使处臣位也 （《礼记正义》卷三十六）。《曲礼》：请业则起，请益则起。郑玄注：尊师重道也 （《礼记正义》卷二）。
《曲礼》：礼闻来学，不闻往教。这本是尊师之礼，郑玄也将其概括为尊道艺。（《礼记正义》卷一）。由此可见，在郑玄看来，尊师的实质在于重道。这是由于教师是道德和学术的代表者。马融曾说：师者，教人以事以谕诸德也 （《通典》卷五十三），郑玄继承了这一师说。也指出：师，教人以道者之称也 （《周礼注疏》卷九），这种以重道的角度来看待尊师的意义的态度，比起单纯将师与天、地、君、亲来作比附的态度要积极得多。
郑玄认为，在教学过程中，教师起着主导和支配作用。他指出：师说之明，则弟子好述之，教者言非，则学者失问 （《礼记正义》卷三十六），这不仅反映了汉代经师具有巨大的权威性，在相当大的程度上也是符合教学的一般规律的。
教师既然具有如此重要的地位和作用，所以郑玄说：师善则善。他将教师本身的品德、学识以及教学态度视为教育成败的关键。郑玄对教师提出了很高的要求。
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