在广袤宇宙的银河系中，有着一个美丽的恒星系统，她有着八颗行星以及一条小行星带，其中位于第三轨道的行星甚至还有过文明，可现在，这些，都是过去式了。
地球上的人类，在科技发展到了一个极限之后，获得了神灵一般的力量，他们可以随意修改生物的基因，甚至复活了恐龙这种远古生物。
在曾经的地球上，存在着两个相互对峙的超级势力——地球联合国和地球联邦。
两大势力因为科技等级相等，所以长时间的对峙之下没有任何实质性的进展，直到有一天，一颗陨石从天而降，带来了一种神奇的物质——能量元素。
地球联合国和地球联邦相继将能量元素提取出来，并将其与原本的地球科技结合，研发出了全新的泰克科技，使人类文明再一次产生了飞跃。
但是，能量元素，却是一瓶慢性的毒药，在人类尚未察觉的时候，悄悄地将勒死人类文明的绳子系了上去……
能量元素的腐化，开始了。
那一日，人类惊恐地发现，原本听从自己的生物突然变得狂暴，还被一种黑紫交加的物质覆盖了，实力比之前还要强大。
当他们想要使用泰克装备逃离时，却发现有一部分泰克装备也遭遇了腐化，穿戴者仅仅片刻之后，便沦为了腐化集群意识中的一员。
当人类两大势力高层发现这种事情后，立马做出了不同的选择。
人类联邦制造了一艘名为“创世纪”的史诗级世代飞船，由两个巨大的生态圈组成，每个生态圈由上百座大小媲美一座大城市的生态区填充，中间有一个连接用的超大型太空站整艘飞船呈圆环状，直径达到了恐怖的一千二百公里，足足有地球的十分之一大小。
同时，创世纪飞船是一艘史诗级的方舟世界舰，是人类的材料学和生物学融合而成的极尽巅峰之作，装配有强大的跃迁引擎，后方巨大的六片叶状结构能够吸收宇宙空间中的所有可用的能量，等到吸收到足够的能量之后，创世纪飞船便会启动跃迁，前往标记好的星系。
可惜的是，地球联邦并不知道创世纪这艘世代飞船里混进了腐化的力量，这就导致创世纪飞船在起飞离开太阳系之后便爆发了腐化，导致一个生态圈被腐化占领，另一个生态圈的生态区几近全部荒废，人类的痕迹全部消失，只有和创世纪飞船一同起飞，用于培养开荒者的“创世模拟飞船”还存在着大量沉睡的人类，可如果他们不尽快通过创世模拟系统的测试，这艘飞船被腐化顺藤摸瓜找到并摧毁，也只是时间问题。
腐化爆发之时，人类只预设了八个星系的坐标，所以在创世纪飞船的人类灭亡之后，创世纪飞船的系统只能盲目地按照数据库里的八个坐标来回折跃，不过好在这八颗星球都是死寂星球，并没有引起腐化的兴趣，所以腐化才没有进一步扩张。
而在地球上的地球联合国，则是选择了建立方尖碑，用以防御腐化并将其净化，不过很显然，他们的行为根本没有奏效。
地球联合国很快就明白方尖碑并不能完全阻止腐化，所以经过商讨后做出决定——制造以方尖碑为核心的名为“方舟”的大型空间站投放到太空中，使用大规模的“方舟”作为节点，制造一层笼罩地球的防御网络，防止来自外太空的腐化再次入侵。
此外，还在“方舟”之中设置了生命培养系统，方舟的管理者——智能机器人监管者会定期培养一批生物投放到方舟之中，并且根据具体情况对生态进行调整。
同时，监管者还不断地根据自己数据库中保存的人类基因制造人类克隆体，这些克隆体的基因来自地球上生活过的所有时期的人类，但这些克隆体并不知道自己的真实身份，仍然认为自己是真正的人类。
这些克隆人会在方舟之中进行试炼，等到试炼结束之后，便会前往下一个方舟，直到他们的力量被所有方舟的监管者认可之后，就会被传送回到地球，将地表上的腐化清理干净，然后承载着所有地球生物基因的方舟便会重新回到地表，将生命的种子再度洒遍地球。
在这些克隆人中，存在着许多杰出个体，比如海莲娜，李美盈，罗克韦尔等。
在最初的孤岛方舟之中，现代生物学家海莲娜与近代科学家罗克韦尔，兽群女王李美盈结识，并且海莲娜和罗克韦尔在经历了一系列事情之后击败了孤岛方舟的三大boss以及方舟的监管者，来到了焦土方舟，而李美盈则是传送到了畸变方舟。
焦土方舟的故事并没有什么好说的，只是因为这里的克隆人没有上进心导致监管者多次重启方舟，因而环境极其恶劣。
在焦土，海莲娜与结识的伙伴一同击败监管者，因为自己的伙伴不愿离开焦土，于是只和罗克韦尔来到了畸变方舟。
在畸变方舟之中，来自地球联合国的飞行员戴安娜和来自地球联邦的圣地亚哥因为生存而联合在一起，以两人为首的势力使用了一个威力巨大的炸弹杀死了畸变的监管者，同时导致畸变方舟的防护罩被破坏，大量宇宙辐射进入，于是畸变方舟的人类此后无法在白天前往地表。
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