攻占苏州的当日，联合舰队分别从金山卫港、吴淞口、崇明港出发，四百多艘战船三万五千兵马浩浩『荡』『荡』进入了长江口，明军让吴胜兆留守松江，将他麾下五千精锐带走了大半。
正是秋季，长江水位涨，联合舰队借助『潮』涌得以进入长江航道之，在出征之前，双方对舰船进行了拣选，吨位过大吃水太深的船留在外海，以免进入长江运转不得，虽说秋季的高水位让更多的船得以进入长江，但也出现了另外一个隐患，那是长江一些险要航道更难通过。
联合舰队如此浩浩『荡』『荡』的进入长江，根本没有任何一点隐蔽的意思，清军各地水师都是得到消息，一开始还准备拦截，但是当侦查到联合舰队的前锋是由海军的加列船和加莱赛船组成的重型桨帆船队，便是很自觉的逃往游，一路只有小规模的冲突，应该是清军提督怕担不战而逃的罪责，故意开战几场，几次战斗没有影响联合舰队的速度，制约溯流而的还是长江天险。
江阴鹅鼻嘴，镇江府的镇江山、焦山门、金山寺，这是南京到江阴的四大天险要隘，清军守军暂且不提，这几个地方更没有碍事的暗礁险滩，但无一不是航道收紧的地方，有些地方长江宽不过千米，如此收紧的航道自然导致水流过快，很多地方超过了四节，这意味着，大量以船帆为动力的船只根本无法逆流而，即便是纵帆船，也得在风力充足的情况下通过，仅仅是在鹅鼻嘴，联合舰队耽搁了四天。
这四天，明军在江阴一带强征丁壮和船夫，用划桨船拖拽大船通过急流航道。
如此，对南京根本没有突袭的可能，清军见联合舰队要全力西进，便知道南京危险，城的满汉大臣在附近调集兵马，积攒粮食，全力守城。
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