村冈长太郎原先并没有完全接受他的意见，甚至于准备将他扭送到宪兵队去上军事法庭，但随着郭松龄对于关东军的步步紧逼，村冈长太郎也最终接受了河本大作的想法，并全权委任他来进行这场罪恶的谋划。
村冈长太郎原计划派遣驻哈尔滨的武官竹下义晴潜赴京城，在和驻京武官建川美次和津口驻屯军司令官铃木一马等人的协助下，在张雨亭抵达关内，准备从天津港口乘船出发的时候进行暗杀。
但河本大作对此提出了异议，在他的心中，处理张雨亭的事是东方会议上交给关东军的任务，是天皇的信任与考验，应该由关东军自己来完成，不应该假手他人。
而且在关内动手目标太大，调动的时候十分容易被发现，还容易牵扯到朝廷以及各国领事，成功概率不高。
一旦失败，整个日本的国际形象就会毁于一旦。
不如在关外地区选择一个合适的地点，炸毁张雨亭进京的列车，这样更加的简便稳妥。
他还自告奋勇，承担起了负责完成这项特殊使命的重任。
在村冈的默许和关东军参谋长斋藤恒、奉天特务机关长秦真次、奉天省军事顾问土肥原贤二等人的全力支持与配合下，河本开始紧张地实施起他的暗杀计划。
河本一开始选择了新民府境内的巨流河铁桥为炸车地点，但因该处奉军警戒森严，难以下手。
嗣经河本亲自侦察，最后选定了皇姑屯以东约一千米处的京奉铁路与南满铁路交叉点（南满路从横跨京奉路的架铁桥上通过）作为炸车地点。
河本与负责守备皇姑屯地段的关东军独立守备军四中队长东宫铁男等人一起，在铁路交叉点埋置了由电控开关控制引爆的三十麻袋黄色炸药，在交叉点北面又装置了两个脱轨器，并在附近埋伏了一排敢死队，布下所谓“必死之阵”，静静等待着列车上门。
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