然而，由于叛乱持续未能平息，乾隆帝对常青的能力产生了质疑，并决定派遣福康安为将军赴台指挥作战。李侍尧担心常青提前泄露朝廷的指令，可能会引起军心动摇，因此秘密寄发了旨意，并上书请求宽恕他擅自行事之罪。乾隆帝对此非常满意，认为李侍尧的做法“深合机宜，得大臣体”，并赐予他双眼孔雀翎以示褒奖。
然而，在处理台湾事务过程中，李侍尧也遭遇了一些挫折。福康安弹劾提督柴大纪，乾隆帝因此责备李侍尧有徇私枉法之嫌。面对这种情况，李侍尧并未回避责任，而是选择了积极应对。乾隆五十三年（1788年），他也上奏弹劾柴大纪的贪赃行为，并主动请求治罪。乾隆帝最终宽恕了他，并在台湾平定后，命他继续袭任伯爵。
台湾平定后，清廷在台湾建立了福康安等人的生祠，以表彰他们在平叛中的贡献。李侍尧被排在福康安、海兰察之后，体现了朝廷对其功绩的高度认可。乾隆帝再次下令将其画像悬挂于紫光阁，位列前二十功臣之一。
然而，李侍尧的生命并没有随着台湾的平定而延续太久。同年十月，他因病逝世，朝廷赐予他“恭毅”的谥号，以此表彰他一生的忠诚与贡献。
结语
李侍尧的故事是一部活生生的历史画卷，它见证了清朝盛世背后的权力斗争、外交博弈以及社会变迁。作为一个时代的产物，李侍尧以其独特的经历和贡献，成为了那个时代不可或缺的一部分。无论是他在外交领域的贡献，还是其在内政管理方面的成就，都在一定程度上影响了清朝的发展轨迹。
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