到了同治三年（1864年），随着天京被清军攻破，标志着长达十余年的太平天国运动正式宣告失败。清廷为了表彰彭玉麟创立湘军水师并在平定叛乱过程中作出的巨大贡献，特地赏加他太子少保衔，并赐封一等轻车都尉世职。
六、筹防江海
同治四年（1865年），随着太平天国运动的结束，清廷开始着手处理战后事务。同年，同治帝欲任命彭玉麟为漕运总督，负责管理全国粮食运输这一重要职务。然而，彭玉麟以自己不熟悉漕政、性格急躁且见识有限为由，坚决推辞了这一职位。他的态度诚恳，最终使得同治帝放弃了这一任命，但仍然要求他与曾国藩等人商讨湘军水师的后续安排。这表明尽管战争已经结束，彭玉麟在军事领域的影响力依然显着。
到了同治七年（1868年），彭玉麟与曾国藩共同制定了长江水师的营制，确立了一系列规章制度来确保水师的有效运作。次年春天，彭玉麟请求回家守孝，并得到了朝廷的批准，由黄翼升接替其职务，掌管长江水师。然而，在彭玉麟离开后，长江水师逐渐失去了纪律性，出现了许多问题，包括士兵生活奢侈、技能退化等，甚至有人建议废除这支水师队伍。
同治十一年（1872年），随着曾国藩的去世，清廷再次召回彭玉麟，希望他能够巡阅并整顿长江水师。面对水师内部的问题，彭玉麟提出了详细的改革方案，强调必须谨慎选拔将领、革除不良习惯、加强军队管理和恢复原有的制度。他还特别指出，长江水师不应该同时训练弓箭技术，以免分散精力。此外，彭玉麟对一百多名表现不佳的军官进行了弹劾，并建议让身体状况不佳的黄翼升退休，推荐李成谋接任长江水师提督一职。经过他的努力，长江水师的士气和战斗力得到了显着提升。
年底，彭玉麟入京觐见皇帝及两宫太后，讨论了长江水师以及江海防御的相关事宜。慈禧太后对他提出的见解表示赞赏，并授予他“紫禁城骑马”的荣誉。随后，彭玉麟被任命为兵部右侍郎，参与了同治帝大婚的筹备工作，担任宫门弹压大臣。不过，他很快又辞去了在京中的官职，回到长江继续巡视工作。
光绪元年（1875年），彭玉麟向朝廷上书，提出国家自强需要从四个方面着手：清理吏治、严格军纪、端正士风、减轻百姓负担。这些提议反映了他对国家未来发展的深刻思考。接下来的几年里，彭玉麟多次往返于湖南与长江之间，继续监督水师的工作。
光绪七年（1881年），彭玉麟被提名担任两江总督，但他连续两次上疏请辞，显示了他对权力并不热衷的态度。最终，朝廷决定让左宗棠接任此职，但仍保留彭玉麟对江防和海防的监督权。在此期间，彭玉麟还就长江提督驻地问题提出了自己的看法，建议江南提督应专注于海防，增加现代化军舰数量；而长江提督则应集中力量于江防，并与海军合作进行联合训练。
光绪八年（1882年），彭玉麟在京察考核中被评为一等官员，显示出他在朝中的地位和贡献得到了广泛认可。次年，他被擢升为兵部尚书，但依旧选择了拒绝接受。即便如此，在之后的考核中，彭玉麟仍然保持了一等的好成绩，成为了历史上少见的未实际任职却仍能获得高度评价的官员之一。
七、复起抗法
光绪十年（1884年），中法战争爆发，中国南部沿海地区面临着来自法国的威胁。在这场危机中，彭玉麟再次被朝廷召唤，赴广东参与筹办防务工作。他迅速行动，招募了四千人随行，并将部队驻扎在大黄駪。为了更好地防御可能的入侵，彭玉麟部署了多条防线：派遣部将王之春和黄得胜负责琼州、钦州以及灵山等地的防守；娄云庆和王永章等人则驻守沙角和大角，与当地的粤军联合行动。此外，他还加强了士兵的人数，设置了堡垒，并组织当地渔民协助把守内海港口。尽管最终法国军队并未进攻这些区域，但彭玉麟所采取的一系列措施极大地提高了该地区的防御能力。
次年，即光绪十一年（1885年），清军在镇南关和谅山取得了重要胜利，迫使法国方面同意停战谈判。虽然战争暂时告一段落，但彭玉麟并没有放松警惕。他向朝廷上书，建议继续保持严密的攻守态势，以防不测，并提出了六条关于如何改善海防状况的具体建议。这些建议反映了他对国家安全问题的深刻理解和长远考虑。
到了光绪十二年（1886年），彭玉麟又做出了一个重要的贡献——他捐出了自己的俸银一万二千两，用于在家乡建立船山书院，以培养更多的人才服务于国家和社会。这一举动不仅体现了他的爱国情怀，也展示了他对教育事业的支持和重视。
然而，在这段时期里，彭玉麟的身体状况却每况愈下。早在西湖期间，他就已经患有偏瘫之症。在广东三年的时间里，由于长期暴露于恶劣的气候条件之下，使得他的旧疾更加严重。当他离开广东北上时，病情已经恶化到无法正常进食、说话的地步，甚至走路都需要多人搀扶。尽管如此，彭玉麟仍然多次请求辞官回家休养，但都被清廷婉拒，希望他能继续为国效力。
直到光绪十四年（1888年），彭玉麟带病完成了最后一次对长江水师的巡阅任务。当到达安庆时，安徽巡抚陈彝见其病情危急，立即向朝廷报告了这一情况。面对这样的现实，清廷终于同意让彭玉麟退休回乡，但仍保留了他的巡阅差使。此后，彭玉麟的身体状况日益恶化，但他依然关心着国家大事。
光绪十六年三月初六日（1890年4月24日），彭玉麟在衡州湘江东岸的退省庵逝世，享年七十五岁。据记载，临终前他身边只有几位老兵陪伴。彭玉麟一生忠诚于职守，无论是在前线指挥作战还是在后方筹划防务，都表现出了非凡的能力和坚定的决心。他的去世对于当时正处于变革时期的清朝来说是一个巨大的损失。
得知彭玉麟去世的消息后，光绪帝深感悲痛，并颁布诏书表彰其功绩，追赠太子太保衔，并按照尚书的标准给予抚恤金，同时赐予“刚直”的谥号。此外，还下令在彭玉麟的原籍及其立功省份为其建立专祠，并将其生平事迹载入国史馆。彭玉麟的孙子彭见绅也被擢升为郎中，其他家族成员如彭见绶、彭见粹等也得到了吏部的特别引见。同年十一月，彭玉麟被安葬于衡阳章木寺附近，结束了这位杰出将领光辉而充满奉献精神的一生。
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