同年11月2日，张之洞被调任为两江总督。11月7日，他再次致信李鸿章，强调无论最终是战是和，都必须拥有足够的海军力量。然而，尽管他多次呼吁救援，当11月下旬日军围困旅顺时，张之洞发出的救援请求并未得到有效的响应。
进入光绪二十一年（1895年），随着日军进攻山东半岛，张之洞急忙向山东巡抚李秉衡发送急电，建议动员地方官员招募民工，加快挖掘壕沟，并在关键道路上埋设地雷，以抵御日军的推进。他还表示愿意调配武器弹药支援山东的守卫。在北洋舰队司令丁汝昌自杀殉国后，张之洞提议将驻扎在台湾的刘永福调往山东，参与抗击日军，保卫烟台。
当得知清廷有割让台湾给日本的意向时，张之洞于2月28日紧急致电朝廷，强烈反对割台，并提出了两条保台的“权宜救急之法”：一是向英国巨额借款，并以台湾作为担保，英国可能会派遣军舰保护台湾；二是允许英国在未来一二十年内在台湾开矿，以换取英国的保护。然而，这些方案并未被采纳。
《马关条约》签订后，张之洞于4月26日向清廷上奏，建议废约，主张“惟有乞援强国一策”。5月20日，清廷下令唐景崧离职，并要求台湾的官员逐步撤回内地。张之洞认为此时应依靠台湾民众进行抵抗，并建议停止无谓的兵力消耗，禁止银钱运出，以充实军需。然而，随着唐景崧的撤离，台湾民众的抵抗变得越来越艰难。
6月3日，日军攻陷基隆港。5日，张之洞仍试图鼓励唐景崧激励士兵和民众坚守台北府，并建议他亲自率领一支精锐部队，灵活应对战局。然而，唐景崧未能履行责任，于7日逃离台湾。最终，只有刘永福留在台湾领导军民继续抵抗，但因缺乏足够的军饷和武器，最终于10月19日战败撤退至厦门。
六、参与变法
在甲午战争之后，张之洞积极参与了变法图强的运动。尽管他在甲午战争期间未能有效支援前线，但在战后，他上书朝廷呼吁总结失败的教训，并提出变法图治的主张。维新派首领康有为在《公车上书》中称张之洞“有天下之望”，表明了维新派对他寄予的厚望。张之洞也确实与维新派有过一些合作，如资助康有为组织的强学会，并支持《时务报》的创办，这些都反映了他对变法的认同和支持。
然而，张之洞在支持维新运动的同时，也表现出了一定的保守倾向。他虽然最初支持康有为的强学会，但在看到慈禧太后采取行动关闭北京的强学会后，他以学术分歧为由退出了上海强学会，并停止了捐款。此外，他对《时务报》上关于争取民权的文章表示不满，并授意他人撰文反驳，这表明他在某些关键问题上与维新派存在分歧。
张之洞对湖南维新运动的态度亦是如此。当陈宝箴担任湖南巡抚后，湖南掀起了一场维新运动，其中包括办厂、改革教育等举措，这些措施得到了张之洞的认可和支持。然而，当《湘学报》刊载了关于孔子改制和提倡民权的文章时，张之洞立即表示反对，并采取措施停止了该报在湖北的发行。这表明张之洞虽然支持改革，但在触及到根本的政治体制和意识形态问题时，他倾向于保守立场。
光绪二十四年（1898年），张之洞出版了《劝学篇》。这本书受到了守旧派的赞赏，但遭到了维新派的激烈批评。《劝学篇》中的观点被认为是维护封建秩序和忠君思想的，与维新派提倡的变革思想相冲突。张之洞在这本书中强调了“中体西用”的思想，主张在保留传统儒家文化的基础上吸收西方科技和教育，这在一定程度上反映了他对变法的理解和定位。
在戊戌变法期间，张之洞与维新派的关系更为复杂。他曾经让陈宝箴推荐杨锐和刘光第，这两人后来成为变法的关键人物。然而，当慈禧太后发动政变，戊戌变法失败后，张之洞虽然试图挽救他的门生杨锐，但未能成功。
七、镇压起义
光绪二十六年（1900年），中国北方爆发了义和团运动。这一运动以反帝爱国为口号，席卷了华北地区，对外国势力及其在华利益构成了威胁。面对这一局势，张之洞的态度是坚决镇压。他采取了一系列措施，包括镇压湖北天门县、荆州府等地的人民焚烧教堂和医院的行为，并会同沿江各省上奏朝廷，请求强力剿灭所谓的“邪匪”，同时采取措施安抚外国使馆，并向各国表达歉意。
为了保护英国在长江流域的利益，英国与张之洞、刘坤一等地方实力派达成协议，签订了《东南互保章程》。根据这一章程，上海租界由各国共同保护，而长江及苏杭地区的外国商人、传教士及其财产，则由南洋大臣刘坤一和两湖总督张之洞负责保护。这一协议得到了李鸿章、许应骙和袁世凯的支持，他们也加入到了“东南互保”的行列中。
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