与此同时，刚毅等人还试图废除京师大学堂，但遭到了荣禄的坚决反对。荣禄不仅维护了京师大学堂的存在，还提议增设武备学堂，并得到了批准，显示出他在教育改革方面的积极态度。
到了光绪二十五年十二月七日（1900年1月7日），荣禄支持李鸿章离京前往两广总督任上，以避免卷入更为复杂的宫廷斗争。然而，十二月二十四日（1900年1月24日），清廷还是宣布封载漪之子溥儁为皇子，即所谓的“大阿哥”，以应对废黜光绪帝的压力。
七、庚子之难
光绪二十六年（1900年），义和团运动在北京及其周边地区迅速蔓延，这一事件最终演变成了庚子之难，即八国联军侵华战争。在这一历史背景下，荣禄扮演了一个复杂而关键的角色。
随着义和团运动的加剧，荣禄多次请求朝廷采取措施镇压义和团，并提出保护各国使馆的建议。然而，随着形势的发展，荣禄采取了一种被称为“明攻暗保”的策略。在围攻使馆的过程中，荣禄表面上参与了对使馆的攻击，但实际上却向使馆输送食品，并帮助使馆与外界保持通讯联系。这一策略反映了荣禄在危机时刻的审慎态度，以及他试图在不同势力之间寻求平衡的努力。
然而，随着战局的恶化，慈禧太后携光绪帝逃离北京，荣禄被命令留在北京处理事务。北京陷落后，荣禄暂时驻留在保定，并在慈禧的命令下，被任命为“会办全权大臣”，参与与八国联军的谈判。与此同时，李鸿章奏请让荣禄返回“行在”，即慈禧太后避难的地方。这一举动既是为了通过荣禄影响慈禧的决策，也是为了保护荣禄，使其免于进一步的政治风险。
闰八月十三日（10月6日），荣禄奉诏前往西安行在。在此期间，荣禄面临着来自载漪、端王等人的排挤，这些人试图阻止荣禄前往行在，以便继续掌控朝政。然而，在东南督抚的帮助下，荣禄最终得以抵达行在。东南督抚们还试图为武卫中军围攻使馆的行为向列强进行辩护，希望减轻对荣禄的追究。
抵达西安后，荣禄重新掌握了枢密院的权力，但他的行动仍然受到慈禧太后的控制。荣禄在处理政务时倾向于保护载漪等人，这引起了李鸿章等督抚的不满。在这种复杂的权力格局中，《辛丑条约》的谈判逐渐展开，并最终达成协议。随着刚毅、李鸿章等人的去世，以及主战派贵族被圈禁，荣禄在晚清国势衰颓之际达到了个人政治地位的顶峰。
八、寿终京第
光绪二十七年（1901年），庚子之乱后的中国处于动荡与变革之中。荣禄在这一时期继续担任重要职务，并积极参与国家大事。六月十日（7月25日），荣禄被任命为管理户部事务的大臣，这意味着他在经济和财政方面承担起了更加重要的责任。
同年，荣禄支持了刘坤一和张之洞提出的“江楚会奏变法三折”中的变法主张。这一变法倡议旨在通过改革来振兴国家，反映了当时一部分官员试图通过现代化来挽救清朝统治的努力。荣禄的支持表明他在某种程度上认同变法的必要性。
十一月（1902年1月），随着两宫回銮，荣禄也随扈自西安返回北京。在此期间，他被加封为太子少保衔，并转任文华殿大学士。十二月二十四日（1902年2月2日），荣禄正式定为文华殿大学士，这标志着他在朝廷中的地位进一步稳固。
光绪二十八年（1902年）七月十八日（8月31日），荣禄的女儿瓜尔佳·幼兰与醇亲王载沣结为夫妻，这一婚姻是慈禧太后的安排。幼兰后来生下了宣统帝溥仪，这也使得荣禄与未来的皇帝有了亲属关系，进一步巩固了他在朝廷中的地位。
然而，晚年的荣禄面临着健康问题和个人生活的不幸。由于疾病缠身，他时常需要请假休养，无法像以前那样积极参与朝政。庚子之乱后，武卫军的惨败，加上妻子和儿子的相继去世，给荣禄带来了巨大的精神打击。这些个人悲剧使得他在处理政务时显得更加疲惫不堪。
荣禄在晚年受到了不少批评。他的办事效率低下，处理政务时往往拖延，且有任人唯亲、贪污受贿的嫌疑。这些行为不仅损害了他的个人声誉，也让人们对他的执政能力产生了质疑。这可能是导致他历史形象不佳的原因之一。
光绪二十九年（1903年）三月十四日（4月11日），荣禄在北京家中逝世。他的遗折在去世当日被呈送给了朝廷。清廷在同一天追赠他为太傅，并赐予他“文忠”的谥号，晋封为一等男爵。
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