七月，朱棣以计（以装疯麻痹张昺、谢贵二人）擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。
后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
革除建文年号，仍称“洪武三十二年”。
他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”
从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。
战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣先后下居庸关、怀来，捕获南军将领宋忠，趁势攻下遵化，永平投降。
建文元年（1399年）八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师30万伐朱棣。大军到达真定（今河北省正定县），先锋抵雄县，为朱棣所袭，9千人全部战死，复战于真定，又大败。
朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文。
九月，江阴侯吴高带领辽东兵马围困永平。
李景隆合兵五十万，进军至河间扎营。
十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。
李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。燕王师自大宁返回后，于郑村坝大破李景隆军。
李景隆退军德州，朱棣趁机攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、劳师无功。
朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。
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