嘉靖初年，明世宗在四郊新建了地坛、日坛、月坛。
他将敬万神的天坛改为只敬天神，并兴建地坛、日坛、月坛，整个北京城被放置于一幅八卦图之中：南侧为天属乾卦，北侧为地属坤卦，东侧为日属离卦，西侧为月属坎卦。
痴迷于道教的嘉靖还在皇城内大规模营造道教宫观，遗憾的是绝大多数宫观没有保存到今天。
嘉靖三十二年（1553年），明世宗又决定利用元大都土城遗址，四面环绕修筑京城外郭城。
最初规划的外城长七十里，东西十七里，南北十八里，设城门十一座、敌台一百七十六座，西直门外和通惠河设置水闸两处，其他低洼地带设置水关八处。
由于工期浩大，在严嵩的建议下改为先修筑南面，将正阳门外的大片繁华市区包入，得到明世宗的许可。
后因用兵频繁，再加上1557年紫禁城大火灾后将财力物力集中于宫殿的重建，因此外城一直没有再筑。
嘉靖四十三年（1564年）增筑外城各城门的瓮城。
嘉靖中期以后，东南沿海海贼，倭寇活动更加猖獗，卫所海防体制无法应对严重的局势，军事改革势在必行，戚继光，俞大猷等先后招募，编练新军，在沿海建立水寨，打击倭寇。
在东南沿海，海防十分空虚，一些重要地段的士兵仅有原额的三分之一，战船十存一二，致使日本海盗大举进犯。
仅嘉靖三十一年（1552年）以后的三四年间，江浙军民被倭寇杀害的就有数十万人。
所以，明世宗在位的四十多年间，是东南沿海倭患最为严重的时期。
最后东南沿海的抗倭斗争取得了决定性的胜利，并涌现了胡宗宪、戚继光、俞大猷等着名抗倭将领，成功扞卫了帝国海疆安定，有力打击和扑灭了倭寇侵扰和海盗疯狂掠夺行为。
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