顺治十六年（1657年）改“端”为“愍”，简称“庄烈愍皇帝”或“庄烈帝”。
南明弘光政权也在六月给朱由检上了“思宗”的庙号谥号。
弘光元年（1645年，清顺治二年）二月，改庙号为“毅宗”。
朱由检即位之初，户部积欠九边军饷，高达9,685,500余两。
户部已面临破产边缘，朱由检在己巳之变后发现户部错账甚多，遂开始整顿财政。
朱由检在崇祯三年（1630年）三月要求户部将新、旧饷库账册“五日一报”。
八月，朱由检要求边镇饷司实行“月报”。
朱由检希望借此形成一个自皇帝至户部乃至各地方清楚的财政管理脉络，进行有效的远程财政及仓库管理。
此外还建立驳查制度，派专员核实月报数额，由此可以随时掌握各仓库的具体变动。
清朝入关以后，沿袭了朱由检财政改革的成果，形成奏销制度。
后金兴起后，明廷为筹措军饷，下令全国（除贵州外）亩加征田赋九厘，每年得银五百二十万两，是为“辽饷”。
崇祯年间，明廷内外两线作战，财政连年入不敷出，濒临破产边缘。
崇祯十年（1637年），朱由检听从兵部尚书杨嗣昌的建议，在旧额田赋的基础上，每亩加粮六合，每年得银近二百万两，称为“剿饷”。
朱由检表示，这次的加派是临时性的——“勉从廷议，暂累吾民一年”。
可在第二年，仍然征收了其半数。
崇祯十二年（1639年），廷臣议练边兵，杨嗣昌筹划，东而辽东、蓟镇，中而畿辅，西而陕西三边，共练兵七十三万。
练兵需饷，遂于天下田土中，亩加赋银一分，计得七百三十余万两。
这宗加派称作“练饷”，三者合称“三饷加派”。
三饷加派加重了人民的负担，而明朝内外用兵并未取得显着成效，故加派依然不止，加速了明朝的灭亡。
朱由检以厉行节俭着称。他即位后，就罢苏杭织造，并将神宗以来每天御膳所花费的万金减少至百分之一。
过去皇帝所穿的冠、袍、鞋、袜都是每天翻新一次，朱由检下令一个月翻新一次，平时穿洗过的衣服，鞋子、袜子的边缘用布来缝。
玉熙宫的伶人也全部遣散，之前宫中有散金银豆于地、让宫人争抢的传统风俗，朱由检下令将金银改成枣、栗。
宫中的月宴、时宴以及外戚、公主家定时进献的甘果，朱由检全部叫停。
他所居的德政殿十分狭小，殿中御座旁只有一个金壶，都是他亲自倒热水，其他器具都没有。
崇祯十六年（1643年）十月，朱由检重申减膳撤乐，除了冬至、正旦、寿节、端阳、中秋及诸大典礼时奏乐外，其他时间都不听音乐，宫中一律用锡、木、瓷器，只留下典礼所必需的金银器，其他金银器都封存仓库，以备赏赐。
并且号召文武百官也厉行节俭，禁止官绅用黄、蓝绢盖、士人穿红、紫衣履以及庶民穿锦绣、丝绸、金玉、珠翠衣饰，衣袖不得超过一尺五寸，但这道禁奢措施收效有限。
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