1993年2月3号，法院做出一审判决，共判处十一人死刑，1993年3月14号，二审改判其中两人死缓，另外九人被执行死刑。
林本勇跑掉之后，辗转去了多个地方，最终找到了一个路子，花钱在江西省吉安市给自己弄了一个合法身份，改名叫林文强。
有了新身份之后，林本勇又跑去了广西省梧州市，在这认识了一个姓高的女人，和他是福建老乡。
老乡见老乡，两眼泪汪汪，两人很快就走到了一起，而且还生了一个女儿，随后就在当地过上了快乐的生活。
但是福建警方却一直没有放弃对林本勇的追踪，在他的同伙被枪毙十八年之后，警方终于从他老婆身上查到了线索，2011年9月20号这天，警方在梧州市蝶山区的一个小首饰店里将林本勇抓获。
林本勇落网之后，另外一个在逃犯杨一勇也露出了马脚，2011年12月7号，这小子在福建省邵武市落网。
2013年四月份，宁德市中级人民法院再次开庭审理这起海盗案，林本勇被判处死刑，杨一勇被判处有期徒刑十二年。
杨一勇看似判的很轻，实际上贼重，这小子和林本勇并不是一个团伙的，当年只参与了一次抢劫，而且没有杀人，他全程都是打酱油的，那次团伙一共抢劫财物八万余元，结果只给他分了3200元。
杨一勇提心吊胆的逃亡了近二十年，人到中年又被判刑十二年，最终折算一下，自己每年的刑期仅值三百元，简直是亏大了。
2015年1月8号，46岁的林本勇被执行了枪决，这起建国以来参与人数最多的海盗案终于画上了一个句号。
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