十多天后，天道教已顺利控制西安府所有县、散州、散厅及所有陕西府级政权，正在控制下级政权当中。这当口，绥德州的米脂县出事了。米脂知县潘松和当地几个地主搞了个“烟筒捐”，名为聚财团练，实为中饱私囊，当地民众本已对他怨气就大，其中，李生荣因疑收捐有私，询问账目，被潘松打入大牢，结果县乡民聚众二千多人闹事，被潘松勾结几个大地主镇压，抓到几个天道教徒，其中一人供出天道教在某日聚集将有大动作，潘松大惊，一面派人报州里知道，一面召集乡勇和驻军，州里知州早已换成了天道教徒，正准备派人接收米脂肪县，接报，忙派当地天道教徒去做米脂接收，潘松觉得这当口换县令很奇怪，不肯，说情况紧急暂时不忙交接，并押出举报人作证，谁知举报人认出了来接收的人原是同乡村民，潘松立即把来人尽数拿下，闭门自守，一面密派人向省抚求援。魏宣武深知，这时期打仗，由于重型攻坚武器的缺乏，最难的就是攻坚，所幸南阳起兵时因为长期在各处团练，实际已控制当地军政力量，所以并未有大的战斗，取河南时，野战和天道教徒里应外合的突袭战居多，只有攻怀庆府时秦汉采取了强攻坚城的手段，当时用了千斤重型洋庄炮四门，还有几十门小型洋庄炮、劈山炮辅助，差点都没攻下府城，最后还是神射手马聚奎对怀庆知府那致命一击，才拿下怀庆府城，攻怀庆秦汉部伤亡二千多人，是所有战斗中伤亡最多的一次，所以此次取陕，魏宣武尽量智取，避免攻坚。现在，一座米脂小城居然要逼魏宣武攻坚。魏宣武与贾道远商议，先聚米脂天道教徒和百姓五千余人包围县城，然后用程兴甲带一队护卫兵和一百新降绿营兵，诈作省军前部，骗开城门，拿下潘松，夺了米脂。
等到1857年10月20日，当袁甲三派人到西安传达咸丰上谕要求魏宣武立即带全部兵马出河南进攻江苏时，魏宣武已基本控制了陕西全境，正在仿照河南对陕西七府五州进行改编，建立行政体系和地方屯垦部队，又从河南运了五十万担粮食接济百姓。对于袁甲三送来措辞强硬的上谕，魏宣武一笑，答复袁甲三，陕事已平，正在和王巡抚善后，11月回豫置办兵甲器械，准于年底全军开拔进攻江苏，只是军饷没有着落，立请军饷十万两。正在和那拉氏调笑的咸丰接报，心下十分不快，到处都要银子，朝廷府库早已空空如也，但为了让魏宣武早日出豫入苏与太平军斗个两败俱伤，咸丰还是咬咬牙，从卖官银子中抽出两万两给魏宣武，让他余款自筹，宽限于12月底出兵。
到了1857年11月下旬，捻军内部出现分裂，以张乐行为首的一派主张与太平天国联手抗清，以刘永敬为首的一派则主张回到皖北独自抗清。最终刘永敬以违背军纪的罪名被杀害，大部分捻军出走北归。张乐行仍带领捻军和太平军四处征战。袁甲三又一次腾出手来，有了实力，就要求进入河南做名副其实的河南巡抚。正当魏宣武与袁甲三讨价还价之时，1857年12月28日，英法联军炮轰广州，登陆攻城，广州失陷，随后，英法联军北上，清廷忙调穆腾阿、伊兴额、那图领兵回天津防御，袁甲三兵力不足，不敢轻动，咸丰也无暇顾及魏宣武的河南兵，魏宣武乐得有此空档大力经营陕西。1858年2月，陕西各地政教机构建成，调贾臻为陕西刺史，以黄得功为陕西总教，地方屯垦部队建成，野战部队第二师成立，魏宣武以古大力为第二师帅，关保为第一师帅，成立军部，自兼军帅，以贾道远为军主教，秦汉为副军帅，又令任柱成立军直属骑兵旅，杨顶天组建军直属辎重师，程兴甲组建军直属护卫旅，辛向文组建军直属炮兵师，李良组建探子旅，至此，整个陕西几乎没放几枪就落入魏宣武手中。
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