1864年7月19日天京陷落后，在江西“就粮”的侍王李世贤成为太平天国革命的重要领袖，率军挺进福建。10月11日，李世贤部攻克武平，斩杀了清总兵贺国桢；16日，攻占漳州府等地，击毙了漳州镇总兵录魁、徐晓峰等。此后李世贤在漳州府城设置总部，并在龙岩和漳州下属各县建立了政权，展开了一系列举措：主张保护农商、恢复生产以安民；计划攻下泉州、福州，争取占领海口，购买先进的西方武器对军队进行装备，以协助赖文光夺取山东并建立根据地，形成南北战场，促进太平天国革命新发展。在此期间大量福建人民参加太平军，部分李秀成队伍、一些外籍军人都投归至李世贤麾下；李世贤还亲自写信联络英、美、法各国公使进行外交活动，向其表达太平天国“扫除胡虏、廓清中夏、恭行天罚”的主张，希望得到各国的支持，但都受到了清政府的阻止，只有英国驻厦门领事柏威林亲自前往漳州与李世贤会晤商讨合作的可能性。李世贤领导的太平军在东南地区重新集结，开创了有利的革命形势，但也遭到了清政府的警惕与镇压。1864年11月30日，李世贤率2500余人攻占了清军布防松懈的万松关侧的山头；李世贤又于半夜率军发起偷袭，击毙了清军主帅林文察，并歼灭此处清军；位于小山头上的太平军对江面的清军水师展开炮击，对清军造成了有力的打击，清军水师总兵曾玉明被迫率师船撤离战场。万松关战役的胜利使当时作为太平天国左军主将、长江以南太平军最高统帅的李世贤也名声大噪。在天京失陷之后。汪海洋和太平军在河南新泉与清军对战，此战损失惨重，丢了一半的兵。汪海洋只好率兵攻入湖南、广东等地，发展较为顺利，兵力有10万以上。天京陷落之后，人心各异，于是赖文光只好和张宗禹的捻军整合。最终这支拥众10万的新队伍，易步为骑，依然是太平天国的年号，对外号称复国，与清军在山东、安徽等地作战。各路清军均视这几支太平军为主力，大力进剿。
在攻陷天京后，曾国藩和曾国荃这对兄弟却成了清廷的心腹大患。魏宣武让各处天道教散布曾氏兄弟要起兵北上向清廷讨赏的谣言，清廷也觉得，如果湘军乘势北上，那么结果可能比太平天国更为可怕。于是，清廷开始着手防备曾国藩，并开始分化瓦解湘军的势力。对此，曾国藩马上奏请停解部分厘金向清廷示弱，同时于1864年（同治三年）七月二十日，曾国藩奏请裁撤湘军二万五千人，只留一万人留守江宁，剩下的一万五千人进入皖南、皖北当做机动部队。曾国荃在攻陷天京后，因急功近利，一时成为众矢之的，同时清政府对他也最不放心，欲让他速离军营又不令他赴任浙江巡抚。曾国藩无奈之下，只能以病情为由，陈请曾国荃开浙江巡抚缺，回乡调理，以避开舆论的锋芒，解除清廷的这块心病。1864年（同治三年）九月五日，朝廷即获批准，并赏给曾国荃人参六两，以示关怀。十月四日，曾国荃带着满腹委屈和怨愤返回湖南。由于怨气未消，终致大病一场。
1864年7月15日，魏宣武向清廷请降，以转移清廷注意力。清廷见魏宣武一直呆在陕西、河南不出一兵一卒，认为魏宣武始终对清廷有归附之心，于是答应魏宣武任陕甘总督，带二万兵平定西北，河南交归清廷，多余兵马就地解散。经过两月谈判，魏宣武寸土不让，还要清廷把安徽交其管辖。清廷终于知道被魏宣武戏耍了，慈禧震怒，但曾家湘军大部已解散，又不愿向曾氏兄弟低头，于是诏令骆秉章督四川、陕西、河南三省军务，全力进攻陕西，以安徽巡抚唐训方督一万五千湘军及寿春镇总兵黄鸣择部三千人、南阳镇总兵宋庆部毅军三千人、开归镇总兵陈国瑞三千人进攻安徽颍州府，牵制河南太平军。
骆秉章接令不敢怠慢，以本部督标五千人，四川提督占泰提标一万二千人，刚平南坪殴利的四川建昌镇（今西昌）总兵周达武湘军武字营十一个营约四千人、松潘镇总兵联昌部土司兵五千人、川北镇总兵吴平轩部三千人，四川副将戴定邦部一千多人，四川团练大臣虎嵩林部三万人，合共六万多人，于1864年11月兵出潼川府直扑保宁府阆中城，重庆镇总兵唐友耕部五千人佯攻顺庆府，另以都兴阿率帮办陕西记名提督、陕安镇总兵雷正绾提标七千多人，汉中镇总兵陈天柱部二千人，延绥镇总兵陶茂森部三千人，河州镇总兵曹克忠部三千人，陕西巡抚瑛棨抚标一千人，陕甘总督杨岳斌督标五千人，甘肃记名提督杨占鳌提标一万二千人，西宁镇总兵黄武贤部三千人，凉州镇总兵李祥德部二千人，肃州镇总兵成桂二千人，宁夏镇总兵侯云登二千人，甘肃团练总办吴可读部团练兵一万人，共五万二千人一面镇压甘肃各处回民起义，一面进逼平凉、固原、庆阳三处，牵制该处太平军。骆秉章准备先取保宁府，再拿下顺庆府，然后从巴州入陕西。
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