，次年改年号为元熙。6
禅位去世
元熙二年六月壬戌（420年7月5日），刘裕见时机成熟，命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文欣然接受，执笔抄写诏书，并对左右说：“桓玄篡位时，晋室已经失去天下了，因为有刘公（刘裕），才延长了将近二十年的国祚。今天做这件事，是心甘情愿的。”两天后，司马德文退居到琅邪王府，百官向晋帝告别，东晋至此灭亡。
刘裕登位后，降司马德文为零陵王，把他迁到秣陵，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，由冠军将军刘遵考带兵看管。
司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中。这时见皇帝、皇后落难，他们就背主求荣，甘当刘裕的走狗，协助监视帝后。褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
永初二年（421年）九月，刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，就叹道："要毒杀主君去让自己活下去，不如死了！"竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀后，8
谥号恭皇帝，十一月辛亥（12月16日），葬于冲平陵，刘裕带领文武百官亲临送葬。
8历史评价
房玄龄等《晋书》：①“帝幼时性颇忍急。”②“安帝既不惠，帝每侍左右，消息温凉寝食之节，以恭谨闻，时人称焉。”③“安承流湎，大盗斯张。恭乃寓命，他人是纲。犹存周赧，始立怀王。虚尊假号，异术同亡。”1
④“若乃世遇颠覆，则恭皇斯甚。于越之民，讵熏丹穴，会稽之侣，宁叹入臣。去皇屋而归来，洒丹书而不恨。夫五运攸革，三微数尽，犹高秋凋候，理之自然。观其摇落，人有为之流涟者也。”1
胡三省：“自是之后，禅让之君，罕得全矣。”10
轶事典故
射马
司马德文年幼时颇为残忍急躁，在琅邪国时更曾命擅长射箭的人射击马匹作为娱乐。当时有人说：“马是国姓，而你自己就去杀它，这是很不祥的事呀！”司马德文明白此言，亦甚为后悔。13
信佛
司马德文信奉佛教，曾下令打造了一个高一丈六寸的黄金佛像，并亲身到瓦官寺迎其上位。14
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