2019年12月，印度议会通过了莫迪签署的《公民身份法案（修正案）》，该法案允许为来自阿富汗、巴基斯坦和孟加拉国的印度教徒、锡克教徒、耆那教徒、帕西人和基督教徒提供公民身份。批评人士指出这项法律是歧视性的，因为它排斥穆斯林群体，并首次在公民身份问题上加入宗教因素。莫迪政府辩称，这项法律旨在为在这三个以穆斯林为主体的国家面临迫害的弱势宗教少数群体提供庇护。
与此同时，印人党在2019年的选举中承诺完成国家公民登记册（NRC）。NRC发起于20世纪50年代，是为了解决阿萨姆邦的特殊情况。2019年，阿萨姆邦更新了登记册，将近200万的穆斯林被排除在外。如果在全国范围内实施，所有印度人都必须证明他们的公民身份。批评人士说，这一过程可能导致许多穆斯林失去印度国籍，因为他们缺乏必要的证明，也没有资格根据《公民身份法案（修正案）》快速获得公民身份。
此外，莫迪还削弱了印度唯一一个以穆斯林为主的邦——查谟和克什米尔邦的政治地位。2019年8月，政府将该邦划分为两个行政区域，并剥夺了其特殊的宪法自治地位。政府还切断了该地区的互联网和移动通讯服务长达数月。数千人被拘留或软禁，其中包括着名的主流政治人物和支持分离主义的活动人士。
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