平静了一段时间后，地球周边突然出现了许多不明飞行物。这些飞行物不同于之前遇到的任何敌人，它们散发着柔和的光芒，并没有主动攻击的迹象。葛小伦等人小心翼翼地靠近观察。当接近时，才发现这些飞行物里住着一种智慧生命，他们自称星灵族，前来地球是因为感应到地球的暗物质波动可能会引发宇宙灾难，希望能协助超神学院一起稳定暗物质。
超神学院众人半信半疑，但还是选择合作。在合作过程中，星灵族展示了他们先进的科技，能精准定位暗物质的不稳定区域。然而，就在双方合作渐入佳境时，突然有部分星灵族露出真面目，原来他们是黑暗势力伪装的，企图趁机夺走地球暗物质。葛小伦愤怒不已，带领众人反击。关键时刻，真正的星灵族赶来相助，与超神学院并肩作战，最终将黑暗势力彻底击败。从此，超神学院多了一个可靠的盟友，继续坚守保卫地球的使命。
在与星灵族建立稳固同盟关系后，超神学院的防御体系越发完善。可平静的日子没过多久，地球各地陆续有人失踪。葛小伦等人展开调查，发现有一种无形的力量在暗中作祟。
他们循着线索追查，竟发现幕后黑手是一种能隐匿于虚空的暗影生物。这种生物不仅善于隐藏，而且能入侵人的思维，控制他们自行走到特定地点而后消失不见。
葛小伦想出一计，他让琪琳利用高精度仪器锁定暗影生物出现时引起的微弱能量波动，自己则和彦设下陷阱。当暗影生物再次现身掳人时，触发了陷阱。众人齐心协力发起攻击，可暗影生物却分裂成无数份逃窜。
葛小伦果断使用新开发的全域扫描技能，找出主脑所在位置。他孤身冲入暗影生物老巢，不顾危险抵挡住四面八方的攻击，一举击碎主脑。所有暗影生物瞬间消散，被掳走的人们也安全归来。超神学院的英雄们再次保卫了地球，他们时刻保持警觉，随时准备迎接下一个挑战。
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