由于此次围剿行动有了一个统一的指挥机构，再加上还有卢象升这员猛将的参与，因此，围剿行动进展得十分顺利。不久之后，眼见胜利在望的陈奇瑜就向朱由检上了一道奏折，说是湖北境内多次告捷，一时大的盗贼几乎削平了，那些逃窜到深山中去的，等我带领乡兵引路把每个山洞都搜到，湖北地面慢慢就会得到平静了。
最后就是陈奇瑜指挥官军成功的把李自成等人的堵在了传说中的车厢峡，此时各地抚按纷纷再次向朝廷奏捷，称官兵四围，流贼束手，海内澄清为时不远。
但朱由检却没办法让自己高兴起来，因为就在这时候，后金军队又来趁火打劫了，宣化、大同两府频频告急。
原来皇太极在七月初亲统后金军队征讨内蒙残部察罕后，很快就大胜而还。回师的时候经过明廷边境，看到宣府边城颓废败坏，便临时改变主意，决定顺便在宣府边境掳掠一番。
皇太极让手下的后金军队兵分四路入塞，自上方堡入宣府，趋应州。四路大军在应州会合，克代州，又分道出攻。而先前大明朝廷为了对付后金，数次抽调宣、大两地的精锐去补充辽东，因此，宣化、大同一带的防务已经变得非常空虚了。尽管朱由检三番五次下令宣大各城务必严备固守，也不过是一纸空文而已。
进入八月，沿边城堡大多失守，后金军队长驱直入。朱由检焦急万分，召集满朝文武问策，可是这些文武大臣一个个面面相觑，没有人能提出一个有效的应对方案。无奈之下，朱由检只能再次宣布京师戒严。
然后，就是后金军队在宣大两地肆意抢掠，根本没有多少官军敢出面阻止后金军队的抢掠行为，直到后金军队每个都抢得盆满钵满之后，才主动退去。
谁知道一波未平，一波又起! 后金军队在宣、大两府大肆蹂躏了一番之后，不管怎么说，最后好歹算是退了。朱由检认为陈奇瑜继续剿抚了流贼的大部分之后，剩下的零星小股，大概要不了一两个月的时间，自然也都荡平了，到那时自己也可以松上一口气了。
但没想到的是，陈奇瑜居然又给他来了个王朴事件的翻版，李自成等人在完全脱离困境之后，直接来了个翻脸不认人。这年八月，李自成先是攻占咸阳，后走醴泉、乾州，后克陇州。
还好在这当中，还有两个人帮朱由检挽回了一些面子，一个是胡文霆曾向自己极力推荐的孙传庭，他在此次抵御后金一些零星军队入侵的过程中，取得了不小的战绩，据孙传庭发来的奏报，他以手下并不多的兵力，却斩获了数百名后金首级。
还有就是胡文霆手下的牛大军，在昌平一带全歼了一支试图到京城周边来抢掠一番的千人左右的后金军队，更难能可贵的是，牛大军还俘获了数十名活着的后金士兵（实际上，大部分都是投靠了后金之后的蒙古人）。
不过，对于这两个人所取得的战绩，朝中却产生了不少的争议，首先是孙传庭，朝中一些大臣说孙传庭手下的士兵之所以敢同后金军队拼命，那是因为孙传庭在战前向他们发放了大量赏钱的缘故，而所发放这些的赏钱，却又是孙传庭通过劫掠一些富户得来的，因此，孙传庭虽然在此次抗击后金军队的点头中，取得了一定的战绩，但是并不能进行表彰，相反，还应该追究他的相关责任。
其次是牛大军，朝廷方面并没有给他下达命令，让他带兵到昌平一带去抗击后金军队，他这是属于擅自出兵，朝廷同样不应该对其进行奖赏，而是应该追究他的相关责任。
在大明朝廷这边的一些朝臣，还在为一些鸡毛蒜皮的事情相互扯皮的时候，皇太极却已经带着一帮人马，还有劫掠到的大量钱财以及众多人口，开始慢悠悠的踏上了归途。
后来史书对皇太极此次入侵大明的描述中，称其“蹂躏宣、大两地达五旬之久，杀掠无算”。后金军队的活动范围，以宣府、大同为中心，攻打围困明廷大小五十余座城镇台堡。
后金军队在大肆劫掠一番之后，又安然出口东去。一方面，皇太极此次用兵，以掠取明朝财物为目的，对宣大两地的百姓造成了严重伤害。另一方面，纪律败坏的明朝军队，从各地来大同的援兵包括辽兵，也给当地百姓带去了不小的灾难。
实际上，此时皇太极率领的后金军队之所以这么轻易的就撤退了，连自己一整支军队被牛大军给全歼了，都没想着要去进行报复，其中包含了多方面的因素。
首先是，皇太极在此次出兵之前，就已经拟定了目标：“不攻城池，只在各村堡抢掠。”也就是说，皇太极的目的不在于得城池、土地，而是要掠取明朝的财富，消耗明朝的经济与军事实力。对于城镇能攻则攻，一时攻不下就放弃，转而去别处。
其次，就是像后来史料中所记载的那样，尽管皇太极在此次入侵行动中，也遭受了不小的损失，但同时也劫掠到了大量的物资和人口，已经足够弥补在作战中的那些损失了。
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