等到秦桧46岁时，南宋的局势已经逐渐稳定下来。赵构开始重用韩世忠、岳飞等新生代武将，阻挡了金国南下的铁蹄，收复了襄阳六郡，又剿灭了南宋境内的各路游寇。
宋、金两国开始转为南北对峙的状态，但南宋的两位宰相赵鼎、张浚又发生了分歧，这就给了秦桧东山再起的机会。张浚引狼入室，找来秦桧充当自己的盟友。
当时赵构正要把淮西5万军队划给岳飞统领，而秦桧和张浚去挑拨赵构不要给岳飞太多兵力，防止功高盖主。却没想到新派区的统帅指挥不当，导致淮西爆发了军变，张浚引咎辞职。
公元1138年，四十九岁的秦桧第二次拜为宰相，并被皇帝派往与金国议和。秦桧登上相位后就把赵鼎排挤出朝，开始了长达17年的独裁生涯。
秦桧掌权后大肆打压政敌，培植党羽，迫害忠臣良将，钳制言论，大兴文字狱。而这一切都是在赵构默许下进行的，其中最为臭名昭着的就是杀害岳飞。
在秦桧掌权后不久，宋金两国就签订了第一次绍兴和议。岳飞、韩世忠虽极力反对，却无济于事。反而是赵构猜忌岳飞，然而第一次合议的成果仅仅维持不到两年，就因金国内部发生政变而成了一张废纸。
——“我要是岳飞，这时候就撂挑子不干了。”
——“秦桧典型的既要又要的代表。”
——“赵构才是那个最该去跪的人啊，真是服了！”
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