然而，当吕大山真正准备刻画阵法时，他发现无法直接在骷髅头骨上进行刻画。凭借以往的经验，他决定使用混沌葫芦装载九级混沌液，溶解刻画材料后再刻在骷髅上。经过这一过程，骷髅头上的阵法基本完成。然而，飞行阵法仍然缺失。吕大山将一张六级颠峰的飞行阵法放在桌上，却总觉得不够满意。
“爹，再给我一点混沌空间石，我的飞蝶就差一丁点了。”女儿吕雪薇抱着吕大山的胳膊，急切地请求道。
“你昨天不是说只差一丁点吗？今天怎么又是差一丁点？”吕大山调侃道。
“就一百吨，真的只差一百吨了。”吕雪薇一脸期待。
“我最多只能给你三十吨，绝对不能多！”吕大山早已算好，三个孩子还差二十吨，因此答应了三十吨。吕雪薇见无法占到便宜，也不再争辩，转而拿起吕大山桌上的图纸仔细观看。
“这图纸好像是我刚刚剥下的异域飞行兽背部的皮。”吕大山一听，兴奋地拉起女儿的手，去查看那张皮上的图案。吕大山清楚，人类阵法的起源正是模仿动植物身上的脉络图而开始的。随后，他又剥下了一千多张飞行较快的异域飞行兽的皮，认真分析了一年多，依据皮上的图案改进现有的飞行图，并重新绘制了五十多张改进的飞行图，逐一在飞蝶上进行效果测试。最终，他成功绘制出了一张将速度提升十倍的飞行图，并将其刻画在骷髅头上。
在绘制飞行图的过程中，吕大山意外发现了一个在角落里颤抖的器灵。出于本能，他迅速将其灵智抹灭，并将自己的一丝灵魂分出，注入其中进行控制，随后开始培养和壮大这个器灵。
为了进一步增强自己的力量，吕大山将大量混沌石加工成吸灵吸混沌葫芦，并在其表面刻画了一层飞行阵法。这些葫芦随后被用混沌胶粘贴在骷髅的表面，同时在混沌石的空隙处嵌入混沌空间石。最后，他用混沌胶将表面抹平，骷髅头的主体加工工作就此完成。
此时，世界珠传来了一颗息壤母精以及几百吨息壤。精灵界的世界树也将其悉心培育的世界树分身送来，准备在骷髅头的内部世界中种植。同时，神蔓母梿也送来了约一千株神蔓，计划在世界的七个进出口处进行种植，以便其枝梿覆盖骷髅头的表面。
智能系统则派出了大量机器人进入骷髅头的世界，内部建立了多个传送阵。这些传送阵连接着不同的空间，包括次元空间、混沌界的混沌宗、世界珠，以及通往各个子女的飞行器和自身的分身飞蝶。此外，系统还预留了多个通往异域世界的通道。
在世界树的外围，智能系统构建了一座巨大的城墙，将世界树环绕其中。城墙上用养魂木建造了一座座小楼阁，楼阁内则装满了智能最新研制的主机芯片。为了增强防御，城墙上绘制了密密麻麻的隐藏阵、困阵、迷阵以及剿杀阵。经过这一系列的改造，智能的主机终于完成了升级，外界根本无法察觉主机与世界树之间的联系。
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