【朱元璋于二十六岁组建了自己的正式班底，次年果然因为起义军内部成分复杂，没有明确统一的领导机制，孙德涯为了地盘和利益与郭子兴之间冲突不断，最终引发反叛行为。
朱元璋孤身前往与孙德涯谈判，并以武力威胁让孙德崖一方知道，如果不放郭子兴，他们之间便必有一场恶战谁也讨不了好。
最终朱元璋成功救出郭子兴。
因为此次犯险救主，让郭子兴更为信任朱元璋，朱元璋也拥有了更多机会发展自身力量而不被猜疑和限制。
更重要的是，这件事使朱元璋在起义军复杂的权力斗争中有了更多的话语权，让他得以在郭子兴死后不惧其子郭天叙的威胁。
这场变故也成为朱元璋命运的重要转折点。
所谓的天命眷顾，或许就是逆境之下从众多失败者中脱颖而出的那个幸存者，如果这就是天命，那么朱元璋就是那个天命眷顾的人。
次年郭子兴病逝，韩林儿任郭天叙为都元帅。
在职位上看似高于朱元璋，但朱元璋通过自身的才能和积累的威望，掌握的实际军事力量甚至要强于郭天叙。
公元1356年，郭天叙在攻打江南重镇集庆时，元朝设计让陈埜先临战背叛了郭天叙，郭天叙因此被诱杀。
这让朱元璋再也不受任何人的掣肘，并能够更加顺利地整合郭子兴的旧部，进一步巩固自己的领导地位。
虽然郭天叙死于攻打集庆，但朱元璋仍然将进攻目标放在了集庆（今南京）。
元朝时集庆亦是东南财富集中的重地，人口稠密，屯粮充足，交通便利，是逐鹿天下的极好基础。
但是有长江天险在，没有水军的朱元璋想要强行攻占南京实为不易。
可运气极好的是，当时占据庐州的左君弼与巢湖水军的赵普胜等将领不和，双方摩擦不断，巢湖水军面临困境，急需寻找新的依靠。
恰逢新崛起的朱元璋就近成了巢湖水军最好的投靠目标。
拥有一万水军和上千艘战船的巢湖水军归入朱元璋麾下后，朱元璋立即举兵攻打南京。
因为元军的常年内讧军力薄弱，加之主力被龙凤政权的刘福通阻隔，以及南京周边还有张士诚、陈友谅等势力正彼此防范，没能对朱元璋攻打南京形成有效阻拦。
这为朱元璋创造了极为有利的外部条件。
次年朱元璋顺利打下南京，并将南京改名为应天府。
从此朱元璋拥有了逐鹿天下的资本。
不过此时的朱元璋手中仍然只有南京及周边领地，面临的局势依然复杂。
北方有元朝大军，长江上游有占据荆襄的陈友谅，长江下游有占据苏南地区的张士诚。
朱元璋夹在这三方势力中间，实力相较他们是最弱的。
朱元璋借助南京的钱粮开始大规模招兵买马，此前军队存在强抢钱粮、女人的恶劣行为也被朱元璋整顿。
不过此时的整顿还算严厉，只是下令约束部队，不得违反军纪。
要等到公元1362年，朱元璋设大都督府，确立军规二十二条，并在南京公斩二十二名犯事军官后，才真正震慑了全军。
使得军队开始有了完备的军事制度和森严的军规，军纪状况得到根本性转变。
此时朱元璋面临的最大对手无疑是自立为大汉皇帝的陈友谅。
陈友谅原本是天完政权的将领，天完政权由徐寿辉建立，政权成立于龙凤政权之前。
但是公元1360年时，陈友谅杀了徐寿辉自立为帝。
不过陈友谅的行为也导致天完政权四分五裂，许多将领纷纷背离。
陈友谅既已称帝，自然也有野心不断扩张以图谋全国，占领富饶南京又实力不算强的朱元璋也就成为了他的进攻目标。
公元1360年，陈友谅率大军进攻朱元璋所占据的应天府。
但是在龙湾被朱元璋预设的伏兵和诈降引诱至包围圈，陈友谅主力大败，陈友谅本人也被迫乘小舟逃跑了。
此战陈友谅部众被杀和溺死无数，两万余人被俘，还损失了一百余艘大型战舰和战船数百艘。
而且将士离心下，陈友谅驻守江西龙兴的部将胡廷瑞，也献出江西大片领地投靠了朱元璋。
三年后，不甘心的陈友谅重整大军意图收复失地。
1363年，陈友谅趁朱元璋救援安丰时，率六十万大军围攻洪都（今江西南昌），但是遭到了朱元璋的侄子朱文正坚决阻挡。
（历史上朱元璋守住洪都靠的是他的侄子朱文正，而非蓝玉。）
三个月后，经过充足准备朱元璋亲率二十万水军解救洪都，陈友谅撤围至鄱阳湖
双方最终于鄱阳湖展开决战。
朱元璋一方有兵力二十万，且有洪都作为倚仗。
陈友谅一方虽然不知道围攻洪都三个月损失了多少人，但剩余的军队依然多于朱元璋。
双方展开了旷日持久的消耗战，最终趁着风向转变，朱元璋派遣敢死队乘小船用火攻，鄱阳湖上一时之间成为一片火海。
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