在统治热那亚时期，多里亚以贵族的视角对宪法进行了改革，消除了困扰共和国数世纪的派系，建立了一个由城市主要贵族家庭组成的新寡头政府，形成了28个“阿尔贝尔吉”（Alberghi）或“家族”。
这些新兴统治阶级的28个阿尔贝尔吉包括了西波家族（Cybo）、多里亚家族（Doria）、菲斯基家族（Fieschi）、朱斯提尼亚尼家族（Giustiniani）、格里马尔迪家族（Grimaldi）、因佩里亚尔家族（Imperiale）、帕拉维奇诺家族（Pallavicino）和斯皮诺拉家族（Spinola）等。
他拒绝了担任热那亚领主甚至公爵的提议，但接受了“永久审查官”的职位，直到去世都在共和国的理事会中发挥着重要影响。
在这个背景下，“审查官”的称号源于古罗马的意义，即一位备受尊敬的高级公职人员，而非现代意义上与审查相关的含义。
他获得了两座宫殿、许多特权，以及“解放者与祖国之父”（Liberator et Pater Patriae）的称号。
他定居在位于法索洛（Fassolo）的一座新修复的别墅内，该别墅是文艺复兴时期的杰作，名为“王子别墅”（Villa del Principe），位于现已拆除的圣托马索门（Porta di San Tomaso）外，直到去世一直居住在那里。
为了保护恢复后的共和国免受未来外敌的攻击，安德烈亚·多里亚赞助了新城墙的建设。
这座城墙于16世纪30年代建成，由军事工程师乔万尼·玛丽亚·奥尔贾提（Giovanni Maria Olgiati）设计。
新城墙实际上沿袭了14世纪旧墙的路径，但将旧有的方形塔楼和墙体替换为新的幕墙和三角形堡垒。
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多里亚再次开始专注对付奥斯曼帝国和巴巴里海盗。
1529年，西班牙舰长罗德里戈·德·波图多（Rodrigo de Portundo）被海雷丁·巴巴罗萨的副手艾丁（Aydin）和萨利赫（Salih）击败。
多里亚雇佣了法国雇佣军，发动了对巴巴罗萨保护下的谢尔谢尔（Cherchell）的攻击，洗劫了该港口并解放了许多基督教囚犯，由于雇佣军纪律涣散，当他的舰队在土耳其人到来之前不得不启航时，他最终抛弃了他们，任其自生自灭。
1532年9月，针对四月土耳其入侵匈牙利的情况，多里亚带领一支由西班牙和热那亚组成的舰队，出动48艘战舰和35艘其他船只，攻击了爱琴海的奥斯曼阵地。
他抵达达达尼尔海峡和伯罗奔尼撒半岛，夺取了科罗内（Corone）和帕特雷（Patras）。
次年，奥斯曼帝国试图通过吕特菲帕夏（Lütfi Pasha）指挥的庞大舰队收复科罗内，但多里亚以巧妙的战术将其击败，在无风的情况下通过用他的战舰拖拽船只来机动应对土耳其舰队。
爱德蒙·于连·德·拉·格拉维耶（Edmond Jurien de La Gravière）将他在战斗中的战术称为16世纪最巧妙的海上作战之一。
巴巴罗萨则从阿尔及尔和突尼斯发起了自己的攻势，他的犹太副手西南·雷斯（Sinan Reis）给予了支持。
1535年，查理五世号召征服突尼斯，多里亚与另一位新兴的海军指挥官阿尔瓦罗·德·巴赞（álvaro de Bazán the Elder）共同分享海军指挥权。
舰队成功占领了突尼斯，但巴巴罗萨成功逃脱。
查理意图继续进攻阿尔及尔，但天气却阻碍了行动。
次年，巴巴罗萨伪装27艘战舰为西班牙船只，对巴利阿里群岛发动攻击并洗劫，导致多里亚带着30艘战舰追击他，并接到查理五世的命令，务必生擒或斩杀这位土耳其海盗，但巴巴罗萨再次逃脱。
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在弗朗切斯科·斯福尔扎（Francesco I Sforza）于1535年去世后，查理五世与弗朗西斯一世再度为米兰公国的继承权发生冲突。
多里亚在这场争斗中对皇帝来说至关重要，帮助他赢得佛罗伦萨美第奇家族的友谊，促成了科西莫一世（Cosimo I）的上台。
令人震惊的是，弗朗西斯与奥斯曼帝国结盟，派遣巴巴罗萨与法土联军驻守马赛，尽管多里亚修建的防御工事使他们未能尝试攻取热那亚。
1537年7月，在纳克索斯附近，多里亚捕获了由阿里·泽利夫（Ali Zelif）指挥的12艘土耳其战舰，泽利夫在战斗中阵亡。
当多里亚得知巴巴罗萨正率领135艘巨型舰队向他袭来时，他选择撤退至墨西拿（Messina），在那儿听闻巴巴罗萨洗劫了阿普利亚（Apulia）。
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