在1506年的里斯本大屠杀中，数千名被指控的犹太人遭到杀害。
曼努埃尔对骚乱的领导者进行了处决。
此外，曼努埃尔还下令驱逐葡萄牙的穆斯林，并以施压于西班牙的费迪南德和伊莎贝拉来结束他们王国对伊斯兰的宽容而闻名。
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伊莎贝拉在分娩时去世, 这使得葡萄牙在西班牙的统治野心受到了打击，这一野心自费迪南德一世（Ferdinand I）统治时期（1367-1383）以来就一直存在。
曼努埃尔一世和伊莎贝拉的幼子米格尔·达·帕斯（Miguel da Paz）被封为阿斯图里亚斯王子（Prince of Asturias）、葡萄牙王子（Prince of Portugal）和赫罗纳王子（Prince of Girona），使他成为卡斯蒂利亚、葡萄牙和阿拉贡的法定继承人，直到他在1500年去世，年仅两岁，这也终结了天主教双王和曼努埃尔的野心。
曼努埃尔的下一任妻子是阿拉贡的玛丽亚（Maria of Aragon），她是第一任妻子的妹妹。
他们的两个儿子后来成为葡萄牙国王。
玛丽亚于1517年去世，但这两姐妹还有另外两个姐妹存活，她们分别是1479年出生的卡斯蒂利亚的乔安娜（Joanna of Castile），她嫁给了菲利普大公（Archduke Philip，马克西米连一世的儿子），并生下了查理五世（Charles V），后者最终继承了西班牙及哈布斯堡的领地。
查理五世章节有详细记录。
另一个姐妹是阿拉贡的凯瑟琳（Catherine of Aragon），亨利八世（Henry VIII）的第一任妻子。
在玛丽亚去世后，曼努埃尔又娶了她的侄女，奥地利的艾伦诺尔（Eleanor of Austria）。
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曼努埃尔一世之死。
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1521年12月，在里斯本爆发黑死病疫情之际，曼努埃尔一世和他的朝廷仍然留在里贝拉宫（Ribeira Palace）。
12月4日，曼努埃尔开始出现高烧的症状，到11日时已完全无力。
1521年12月13日，他去世，享年52岁。
他的继任者是他的儿子葡萄牙的约翰三世（John III of Portugal）。
次日，他的遗体被装在黑色天鹅绒覆盖的棺材中，运往里斯本的贝伦区（Belém），后面跟随着大量哀悼者。
他暂时被埋葬在雷斯特洛教堂（Restelo Church），而阿维斯王朝（House of Aviz）的皇家墓室则设在热罗尼莫斯修道院（Jerónimos Monastery）内。
葬礼由王国中最显赫的四位贵族主持，分别是布拉干萨公爵（Duke of Braganza）、科英布拉公爵（Duke of Coimbra）和维拉雷尔侯爵（Marquis of Vila Real），仅有皇室家族和葡萄牙贵族参加，仪式为私人性质。
其遗骸于1551年转移至热罗尼莫斯修道院，与他的第二任妻子阿拉贡的玛丽亚（Maria of Aragon）一同安葬。
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