年纪稍长，太子司马遹却不好学，每天只与左右嬉戏胡闹，也不知道尊敬师傅。皇后贾南风平素就疾恨司马遹名声好，因此暗地让宫内的宦官到司马遹跟前儿谄媚奉承说：“殿下确实应该趁着年轻力壮好好玩乐，何必自我约束呢？”每次见到司马遹发怒了，就叹道：“殿下不知道用威严刑法，天下的人怎么会惧怕臣服殿下呢？”司马遹所宠幸的蒋美人生了个儿子，这个宦官便又对司马遹说应当厚加赏赐，为皇孙多造些玩好之器，司马遹依从。于是，司马遹怠慢松弛日益明显，还常常不上朝侍奉，常在后园游戏。爱好矮车小马，让左右之人骑驰，弄断缰绳，让人堕在地上以取乐。或有违背者，用手捶击他。个性拘泥于小忌讳，不允许修缮墙壁、动瓦盖屋。
太子在宫中开设集市，让人杀牲卖酒，太子亲手掂量斤两，轻重一点不差。他外祖父家是杀羊的屠户，受其影响，司马遹对卖肉非常钟爱。又让西园卖葵菜、篮子、鸡、面之类物品，从中牟取利润。按东宫旧礼制，每月钱五十万，以备各种费用，司马遹常常预支两个月以供宠幸者之用。洗马江统劝谏他时陈述的五件事，司马遹不采纳。舍人杜锡觉得司马遹不是贾后所生，而贾后性情凶暴，深感忧虑，每每忠心规劝太子修德行纳善言，远离谗言和诽谤。司马遹发怒，让人把针放在杜锡常坐的毡中来刺他，杜锡不知，落座后针扎入臀部，血流不止。
司马遹性情刚烈，知道贾谧仗着贾后的地位而尊贵，不能为他所用。贾谧到东宫，司马遹撇下他而到后庭游戏玩耍。太子詹事裴权劝谏司马遹说：“贾谧在中宫很受宠爱，又有不顺从你的表情，如果有一天搬弄是非，则你的大事就完了。应当谦虚礼让，以防其变，务请贤士，辅翼自己。”司马遹没有听从。当初，贾后母亲郭槐想让韩寿的女儿为司马遹的太子妃，司马遹也想与韩氏结婚以巩固自己。可是韩寿的妻子贾午与贾后都不同意，却为司马遹聘了王衍的小女儿王惠风。司马遹听说王衍的长女漂亮，而贾后聘给了贾谧，心中为此不平，很说了一些不满的话。
贾谧曾经与司马遹下围棋，争棋路，成都王司马颖见后呵斥贾谧，贾谧内心更加不平，因此在贾后面前诬陷司马遹说：“太子买了很多田产，多积私财结交小人，是因为想扳倒贾氏的缘故。暗地里听他说过：‘皇后死了以后，我一定要鱼肉贾氏族人。’不但如此，如果皇帝死了，他居帝位，还要效仿以前我们废杨氏的旧例，杀戮我们并在金镛废除皇后，易如反掌。不如早些安排他个处所，另立一位慈顺的太子保卫自己。”贾后采纳了他的意见，又张扬太子的缺点，传布到朝野远近。当时朝野都知道贾后有害太子之意，中护军赵俊请太子发动政变废掉贾后，太子不听。
元康九年（299年）十二月，贾后将要废太子司马遹，诈称皇上不舒服，将司马遹诱进宫中，到了，贾后却不与他相见，把他安排在别室，派婢女陈舞逼司马遹吃掉事先准备的醉枣，司马遹便醉得不行。再让黄门侍郎潘岳打了个草稿，模仿司马遹平常的口气，让小婢女拿纸笔和草稿让司马遹抄写下来。司马遹迷乱不能辨，便依从而写，笔画不全的部分，贾后又令潘岳补上。这份抄写的文字中写到：“皇上、皇后你们快点自动退位吧，你们不自动退，我就进宫废掉你们。然后我做皇帝，蒋美人为皇后。”
贾南风皇后把它呈给晋惠帝司马衷，晋惠帝司马衷驾幸到式乾殿，召见公卿，让黄门令董猛把太子司马遹写的和青纸诏书上写着“太子写这样的话，现在我下令赐他死。”的文字遍示各位王公，没有谁敢说话，大臣们看，谁都不敢说一句话，只有张华、裴頠证明这肯定不是太子写的。贾南风皇后怕事情有变，便上表免太子为庶人，晋惠帝同意。派和郁持节到东宫宣旨，太子正游园呢，听说皇帝使者到了，便连拜两次接受了诏书，给太子妃留下一封书信，然后步行走出承华门，乘粗牛车，被押解到金墉城软禁。
第二年（300年）正月，贾后让一个宦官自首说自己与太子司马遹打算谋反。下诏把自首宦官的供词颁示公卿。又派司马澹带一千兵众护送司马遹，另外幽禁在许昌宫的别坊中，让治书御史刘振持节守卫着。在此之前，有童谣说：“东宫马子莫聋空，前至腊月缠汝合。”又说：“风起兮吹白沙，遥望鲁国郁嵯峨，千岁髑髅生齿牙。”南风，是贾后的名字；沙门，是司马遹的小名。当初，太子刚废时，太子妃的父亲王衍上书请让小女儿与太子离婚，太子妃王惠风便号哭着回家，路上的行人都为之流涕。
太子司马遹不当其罪而被废弃后，众情怨恨。右卫督司马雅，是晋室同宗远房的家门，与常从督许超都有宠于司马遹，二人深为感伤，劝赵王司马伦的谋臣孙秀道：“国家没有嫡系继嗣，社稷将危，大臣的灾祸必定会兴起。而您侍奉中宫，与贾后亲密，废太子之事，都说您预先知道，一旦有变故，灾祸必定连累到你。为何不事先谋划一下呢？”孙秀告诉赵王司马伦，司马伦深深采纳。定计之后，孙秀又劝司马伦说：“太子为人刚直凶狠，如果得志之日，必定会放纵性情。您一向侍奉贾后，街谈巷议，都认为你是贾后的同党。现在虽然想为太子建立大功，太子即使要把忿恨埋在心中，也一定不会对你施加赏赐，会说你为民望所逼，反复无常，只是将功折罪罢了。如有小的过失，还不能幸免于诛罚。不如拖延日期，贾后必然会加害太子，然后再废贾后，为太子报仇，既可以有功，又可以得志。”赵王司马伦认为很好。孙秀因此用反间计，说宫殿中的人要废贾后，迎太子司马回王宫。贾后听闻之后，很是忧惧，便让太医令程据制成巴豆杏子丸。
三月，贾南风做假诏让黄门孙虑带着毒药来到许昌欲毒害太子司马遹。当初，司马遹恐怕被毒死，常常自己煮饭吃。孙虑把要毒死司马遹的事告诉了刘振，刘振便把太子迁居在小坊中，断绝他的饮食，宫中还是在墙壁上给太子放置饮食。孙虑便逼司马遹服药，司马遹不肯服，便到厕所，孙虑用药杵把他打死，司马遹大声叫喊，喊声传到外面。司马遹死时二十三岁。本打算用庶民之礼安葬他，贾后上表说：“司马遹不幸丧亡，可怜他迷惑悖逆，又早夭折，我悲痛的内心，不能自已。妾私下希望他刻骨铭心，更思孝道，极度虔诚，以正名号。此志不成，更让人酸心遗恨。司马遹虽然罪过很大，但仍是帝王的子孙，若用庶民之礼送终，情实怜悯，特意请求天恩，赐他以王礼安葬。妾确实愚昧浅见不懂礼仪，不胜至情，冒昧地陈述我的想法。”诏书同意用广陵王之礼安葬他。
日后则是：
贾后甘为废戮人，齐王还杀赵王伦。
一从天下无真主，瓜割中原四百春。
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