尽管大部分的船只都由海军管理使用，在运输的方面的载重吨分配上实际由企划院具体控制。企划院的运输办公室里有专门的配载图和表格，精确到小时的记载各种货物的物流情况。
海军执行珠江口战役之后，大量船只被调走充当战舰和运输舰，使得整个临高的航运运力愈加匮乏。而两个中队的特务艇长驻香港使得原本已经不堪重负的海军船队运力进一步缩减。
他们的迅鲸号自航甲板驳船在运量上非常的惊人，但是该船只能在海况较好的沿海区域活动，而且它的动力系统是柴油机，执行了几次三亚运输任务之后已经消耗了大量的柴油。作为一艘惟一能够运输超大、超重、超长货物的现代船只，企划院实在无法下定决心继续让它执行常规性的货运任务。
这一严峻的形势，使得在执委会的工作会议上，紧急造船的动议被再一次的提出来。造船不仅要满足运输的需要，还要用来扩大海军的作战舰艇，陈海阳在会议上明确指出，现有的武装特务舰在吨位上过小，限制了安装的火炮数量和口径。特别是在部分特务艇上安装的24磅卡隆炮，陈海阳认为这种小型短射程的火炮意义不大。
“24磅卡隆炮的有效射程只有100～200米，如果遭遇西方战舰，射程上吃亏，如果遇到刘香一类的大海盗的船队，一次炮火射击如果不能摧毁敌人的船只，并且立刻完成装弹，会在接舷战中被淹没。”陈海阳提到，在虎门和广东内河战斗中，装备卡隆炮的特务艇中队在作战中为了避免在近距离内被明军的红夷大炮毁伤，不得不多次先等待加农炮中队从远距离毁伤火力之后再加入战斗。
“卡隆炮中队只在大屿山之战中，对付火力非常贫弱，而且数量也不占优势的小股海盗时才发挥出其摧毁性较强的优势。长远看，卡隆炮中队只能充当巡逻或者护航使用。”
另外，特务艇中队的特务艇大多吨位偏小，很难进行持续性的作战――一些船只建造质量不佳，而且这些船只全部没有在船底包铜皮，凿船虫和海生物附着情况已经变得极其严重，陈海阳估计，大概有三分之一的船只必须立刻进行维护。
“继续使用特务船进行繁重的运输和护航任务的话，很快我们就要面临在到1631年的上半年有一半以上船只维护的尴尬局面。”陈海阳警告道，“造船，特别是建造能够长时间使用的大吨位船只迫在眉睫！”
“我们现在这样运输船和战舰不分家的局面不合适。表面上看起了是综合利用，实际上船只改造也好，分配也好，都弄得四不像。”海军军令部长明秋发言了。
澳宋海军真正按照军舰改造或者建造的，只有镇海和伏波两艘双桅炮舰和铁肋木壳三角帆巡逻艇，但是它们的吨位均不超过200吨，是小得不能在再小的船只，海军军令部在图上兵棋演习中得出结论，如果四艘8154巡洋舰不出动，澳宋海军只有在小规模的战斗中才有能保持绝对优势，一旦遭遇到刘香或者郑芝龙这样随时可以动用上百艘大船的大型海上势力，海军就难以确保胜算了。
海军希望得到若干艘大吨位，风帆或者蒸汽动力的大型战舰。在武装、航速和续航力上至少要有19世纪初期的巡航舰的水平。
最后海军提出要求：至少在1630财政年度内用追加拨款的方式开工建造2艘千吨级的三桅风帆巡航舰，1631年财政年度内，再开工6～10艘500吨级的武装辅助船只。
“显然，这有点仓促了。”马千瞩等陈海阳发言结束之后才慢条斯理的说道，“大型战舰，当然很有用。不过，即使不谈我们的技术能力和物资储备够不够建造这种19世纪水平的巡航舰，这条千吨级的船建造周期起码要1年吧？”他说着回头看了下展无涯。
“三百吨的木船，如果材料足够，人手也足够，突击建造大约要六个月。”展无涯说道，“不过现在我们能够建造铁肋船，建造周期可以进一步缩短。三到四个月吧。”
“显然，我们现在需要建造的不是这样大船――因为我们是船能够在短时间内投入使用，比如二三个月之内。”马千瞩说，“因为现有的海军船只，在半年内都会面临大修和维护的问题，开工建造要一年之后才能投入使用的船只只会造成海军力量的空档期。”
这是旗帜鲜明的反对海军提出的造舰计划。一时间执委会的会议室里有些冷场。陈海阳想反驳，但是马千瞩这番话说得有理有据，又得到了工业部门的证实。
邬德说：“建造大型战舰来不及了，我看还是从根本上先解决运力的问题。”
根子上来说，海军的任务太多，担负的运输任务过重，使得船只没有足够的时间进行维护保养。邬德建议，突击建造一批专用的运输船只来取代现在被使用的特务艇，使它们能够从繁重的运输任务中解放出来。
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