《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
《黄帝内经》基本内容包括整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等：
“整体观念”强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。
“阴阳五行”是用来说明事物之间对立统一关系的理论。
“藏象经络”是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。
“病因病机”阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。
“诊法治则”是中医认识和治疗疾病的基本原则。
“预防养生”系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。
“运气学说”研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
《黄帝内经》接受了中国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气”形成的。在“人与天地相参”、“与日月相应”的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。
一、“气”是宇宙万物的本原
老子在《道德经》云：“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母。”认为构成世界的原初物质是形而上者的“道”。宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气”。《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气”是宇宙万物的本原，“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天”。在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。
二、人与自然的关系
《黄帝内经》认为人与自然息息相关，是相参相应的，自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”。是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长。人生天地之间，必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存。
人体的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致，这就要求人对自然要有很强的适应性。《灵枢·五癃津液别》说：“天暑衣厚则腠理开，故汗出。……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”这显然是水液代谢方面对外环境的适应。人的脉象表现为春弦、夏洪、秋毛、冬石，同样是由于人体气血对春夏秋冬不同气候变化所做出的适应性反应，以此达到与外环境的协调统一。如果人们违背了春生夏长秋收冬藏的养生之道，就有可能产生病变。就是一日之内、日夜之间，人体也会随天阳之气的盛衰而相应变化。如果违反了客观规律，也会受到损害。
人与自然这种相参相应的关系在《黄帝内经》中是随处可见的。无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。
三、人是阴阳对立的统一体
人是阴阳对立的统一体，这在生命开始时已经决定了。具有生命力的父母之精相媾，也就是阴阳二气相媾，形成了生命体。生命体形成之后，阴阳二气存在于其中，互为存在的条件。相互联系、相互资生、相互转化，又相互斗争。
从人体的组织结构上看，《黄帝内经》把人体看成是各个层次的阴阳对立统一体，还把每一脏、每一腑再分出阴阳，从而使每一层次，无论整体与局部、组织结构与生理功能都形成阴阳的对立统一。
四、人体是肝心脾肺肾五大系统的协调统一体
《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。
以心为例：心居胸中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌、在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以每一脏都是一大系统，五大系统通过经络气血联系在一起，构成一个统一体。这五大系统又按五行生克制化规律相互协调、资生和抑制，在相对稳态的情况下，各系统按其固有的规律从事各种生命活动。
五、生命观
《黄帝内经》否定超自然、超物质的神的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。认为阴阳二气是万物的胎始。对整个生物界，则认为天地万物和人都是天地阴阳二气交合的产物。阴阳二气是永恒运动的，其基本方式就是升降出入。《黄帝内经》把精看成是构成生命体的基本物质，也是生命的原动力。在《灵枢·经脉》还描绘了胚胎生命的发展过程：“人始生，先成精，精成而脑髓生。骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长”。这种对生命物质属性和胚胎发育的认识是基本正确的。
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