理是先于自然现象和社会现象的形而上者。他认为理比气更根本，逻辑上理先于气；同时，气有变化的能动性，理不能离开气。他认为万物各有其理，而万物之理终归一，这就是“太极”。
理是事物的规律。
理是伦理道德的基本准则。朱熹又称理为太极，是天地万物之理的总体，即总万理的那个理一。“太极只是一个理字”。太极既包括万物之理，万物便可分别体现整个太极。这便是人人有一太极，物物有一太极。每一个人和物都以抽象的理作为它存在的根据，每一个人和物都具有完整的理，即理一分殊。
理在人身上就是人性。朱熹又称理为太极，是天地万物之理的总体，即总万理的那个理。气是朱熹哲学体系中仅次于理的第二个范畴。它是形而下者，是有情、有状、有迹的；它具有凝聚、造作等特性。它是铸成万物的质料。天下万物都是理和质料相统一的产物。朱熹认为理和气的关系有主有次。理生气并寓于气中，理为主，为先，是第一性的，气为客，为后，属第二性。
朱熹主张理依气而生物，并从气展开了一分为二、动静不息的生物运动，这便是一气分做二气，动的是阳，静的是阴，又分做五行（金、木、水、火、土），散为万物。一分为二是从气分化为物过程中的重要运动形态。朱熹认为由对立统一，而使事物变化无穷。他探讨了事物的成因，把运动和静止看成是一个无限连续的过程。时空的无限性又说明了动静的无限性，动静又是不可分的。这表现了朱熹思想的辩证法观点。朱熹还认为动静不但相对待、相排斥，并且相互统一。朱熹还论述了运动的相对稳定和显着变动这两种形态，他称之为“变”与“化”。他认为渐化中渗透着顿变，顿变中渗透着渐化。渐化积累，达到顿变。
“格物致知”出于《大学》“致知在格物”一语，原无认识论意义，基本上是讲对一般道德的体认。明确从认识论的意义上解释“格物”的第一个人是程颐。他说：“格犹穷也，物犹理也。犹日穷其理而已矣。”（《二程遗书》）朱熹继承了二程的说法，并建立了更系统的格物穷理说。他通过对“格物致知”的阐释，表述了自己的认识论思想。
从认识的目的来看，朱熹讲“格物致知”是为了当圣人 。认为若做不到“格物致知”，无论如何都是凡人，只有达到“物格知至”，方可进入圣贤之域。
“格物致知”的具体内容是“穷天理，明人伦，讲圣言，通事故。”（《文集》）这里的“天理”主要是指仁、义、礼、智等封建道德，“人伦”、“圣言”、“事故”则是天理的阐发应用。朱熹认为，如果放弃对天理的追求，只把精力花在草木、器用的研究上，那就如象散兵游勇那样，回不到老家。他说：“兀然存心乎草木、器用之间，此何学问.如此而望有所得，是炊沙而欲成饭也。”
在“知”“行”关系上，朱熹主张“知先行后”。朱熹的知行观，是指儒家的个人道德修养和实践。由于道德实践需要封建伦理指导，因此“知为先”。又因封建伦理不能只流于空谈，所以“行为重”。“知先”“行重”是实践道德的两个方面，有其内在的逻辑一致性。如果从认识的角度看，“知先行后”颠倒了主次关系。认识来源于实践，知行之间应以“行”为第一性。“知为先”的主张显然是错误的。至于所谓“行为重”，虽有其合理因素，但它强调的也只是封建知识分子的个人道德实践。
在人性问题上，朱熹直接继承了张载和二程的思想。张载把人性分为“天地之性”和“气质之性”两种，认为人性的善恶是禀气不同所造成的。朱熹对此说十分赞赏，认为这个思想“有功于圣门，有补于后学”，“发明千古圣人之意，甚为有功。”（《语类》）二程继张载后，对“天理之性”和“气质之性”作了区别。在张、程思想的基础上，朱熹又全面论证了“天命之性”和“气质之性”的人性二元论。“理”与“气”，人生不可缺少 。“理”在人未形成之前浑然于天空，于人一旦形成，便附于人体，成为先验禀赋于人心的仁、义、礼、智等封建道德，是先天的善性所在，人人皆有，故名“天命之性”。人体形成之时，必禀此气，由于气精粗、厚薄、清浊、久暂的不同，就产生了善恶、贤愚、贫富、寿夭的不同和性格上的差异。它有善有恶，名曰“气质之性”。上述二性并存于人身，这就是朱熹的人性二元论观点。
朱熹的长期从事讲学活动，精心编撰了《四书集注》等多种教材，培养了众多人才。他的教育思想博大精深，其中最值得关注的，一是论述“小学”和“大学”教育，二是关于“朱子读书法”。
朱熹在总结前人教育经验和自己教育实践的基础上，基于对人的生理和心理特征的初步认识，把一个人的教育分成“小学”和“大学”两个既有区别又有联系的阶段，并提出了两者不同的教育任务、内容和方法。朱熹认为8~15岁为小学教育阶段，其任务是培养“圣贤坯璞”。鉴于小学儿童“智识未开”，思维能力薄弱，因此他提出小学教育的内容是“学其事”，主张儿童在日常生活中，通过具体行事，懂得基本的伦理道德规范，养成一定的行为习惯，学习初步的文化知识技能。在教育方法上，朱熹强调先入为主，及早施教；要力求形象、生动，能激发兴趣；以《须知》、《学规》的形式培养儿童道德行为习惯。朱熹认为15岁以后大学教育，其任务是在“坯璞”的基础上再“加光饰”，把他们培养成为国家所需要的人才。朱熹认为，与重在“教事”的小学教育不同，大学教育内容的重点是“教理”，即重在探究“事物之所以然”。对于大学教育方法，朱熹一是重视自学，二是提倡不同学术观点之间的相互交流。朱熹关于小学和大学教育的见解，为中国古代教育思想增添了新鲜的内容。
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