在上皇帝书中，不依不饶的苏轼接下来说：
陛下您还很年轻（宋神宗时年二十二岁，苏轼已三十五岁）啊！您有天生神智勇武，如果陛下不采取谨慎的态度而是急功近利冒进前行，就会像是驾着轻车快马，冒险夜行，那一帮人还在后面策马扬鞭，那还不是要翻车吗？（注意这句话的份量，语气重且已经极为露骨和直白了）
陛下您应该专门操持国家最重要的事，治理国家的根本，平时修养自己的身心与性情，清静无为而治，这样一来，万事万物都遵循自然、回归正道。像什么百工与朝廷各部门的些小杂事，连宰相都不屑于过问，陛下还要去过问吗？
苏轼最后说：我仁宗朝时，事情无论大小，全部按照法律办事。人不论贤愚，全部根据公议升降。而现在擢拔新人，完全根据好恶，那些被提拔起来的小人，坐席未温，就会反过来去攻击提拔自己的人。这些人聚散无时，互相攻击，遇到国家危机，定会迅速土崩瓦解，最终定会贻误朝廷的大事。一百个人聚在一起议论一件事，就不会有偏颇就会非常公正。我的陛下啊，如今天下已经众口一词，都在认为新法的不便，而陛下却要孤注一掷地去实行，微臣真不知道您要走到何种田地！
上书说了这么多，苏轼是解气了，但后面的事情发展就不是他能够左右的了。
在苏轼私底下给自己书画界的朋友、简州阳安（今四川简阳）人刘泾写的信中，苏轼自诉近来的文人学士都在业余时间谈论什么理学啦、佛学了，看似时尚其实都不值得肯定。自己先前在科场中写的文章，都是些不得已的应时性文章，但被很多人传阅，实在是惭愧至极（主要还是仰仗欧阳修等文坛大佬们的宣传之功）！近来，朝廷根据名声选拔出来的官吏，有些人虽说言谈举止与和孔孟没什么两样，而已经试用，其作为却很少不为人们所耻笑（迂腐）。其笔锋所指，明眼人一看即是指王介甫也！
熙宁三年（1070）春二月，苏轼在京城当差，弟弟苏辙也被差调入贡院，再有半个月，苏辙的工作将告一段落，就可以出来休息了。汴梁城的宜秋门内外，到处都是高槐古柳，全然就像深山老林的环境，倒很适合苏轼狂放的个性。
苏轼如今所住的南园，还是父亲留下来的产业，里面有一处小花圃。寂寞独居时，苏轼就教育并逗弄一下膝下的幼童，种植一些菜蔬，聊以遣怀。
从首次上书论奏，指斥上元节有关部门拿圣旨横行霸道、压低市价，从民间购买四千盏花灯，建议朝廷取消这一决定起，神宗皇帝立即采纳了苏轼的建议。苏轼方天真地认为圣明的神宗皇帝什么时候都能虚怀若谷，充分采纳各方面的意见。
之后苏轼又趁热打铁奏上了一道六千多言的奏折，意气风发地充分论证了新法的不周之处。
接着，苏轼又趁进士考试，准备好了一份《拟进士对御试策》乘机献上。这次神宗皇帝虽然没有听从，但也胸怀宽广地表扬了苏轼的正直与忠勇。起初，神宗皇帝并没有当回事，但王安石却大为光火，其同党更是咬牙切齿，开始着手争相排挤苏轼。
御史知杂（侍御史知杂事的简称）谢景温首先发难，使出浑身解数罗织罪名，终于找到理由告发苏轼，说其在父丧扶柩回乡时，用官船捎带私盐回乡贩卖渔利。于是，朝廷命令各路侦探将当时的梢工及篙手一干人等，抓来严刑拷打，寻求证据，但因实无此事而不了了之。
据传，神宗皇帝当初看到苏轼上奏的《拟进士对御试策》时，当场就把它出示给王安石征求意见。
一直带着有色眼镜的王安石看后，鄙夷道：苏轼这人，但从才学论，有着很深的修为。但是，此人所学的东西来路不正，尽是些欺世盗名之学！此次又是因自己不得志的原因，言语中已经跌宕失态到如此地步，请圣上将其罢黜了事。
当时在场的曾公亮插话道，我觉得苏轼只是持有不同的言论，并没有可以加罪的地方。
过了一段时间，王安石又怂恿神宗道：陛下何不将苏轼罢黜出朝廷，难道是因为怜惜他的才学吗？譬如我们要调教一匹恶马，首先须减少它的草料，再多加鞭笞（减刍秣，加捶扑），使其服服帖帖后才能为我所用。就像苏轼这厮，不加以磨练其心性，压灭他的浮躁之心，怎能为陛下所用。这种人，其才学能为世所用者甚少，而为害世道者甚大，陛下不可不察啊！
随着时间的推移，苏轼在朝廷中的影响还真就变得越来越微妙了。
邵武（今福建南平市属县级市）人叶祖洽（字敦礼），在殿试后神宗令当时的变法二号人物、宰相陈升之把的关，被赐予进士及第第一，当时任编排官的苏轼与苏辙、刘攽等人上书反对，认为叶祖洽不仅学识粗浅，议论不当，而且策论的卷子中还有“祖宗以来至于今，纪纲法度因循苟简而不举者，诚为不少”等语，实有轻率和对祖宗不尊之举。苏轼的意思是将叶祖洽罢黜，如若不然，像这种靠着诋毁祖宗以献媚时君的小人，一旦擢为进士及第第一，何以正风化。
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