台风再次来临的那夜，林深在实验室分析水样时，银镯突然发出蜂鸣。全息投影在空中浮现出沈璃的身影，她的身体已经半透明："；采矿站的净化系统被篡改了，他们要把整个东海变成死水区..."；话未说完，警报声大作，实验室的防弹玻璃外浮现出无数发光触须。
"；快走！"；沈璃将某个水晶匣子抛给他，"；里面有你妹妹需要的海露样本..."；林深抱着匣子冲进暴雨时，看见海天交界处升起巨大的水幕，那是由无数发光水母组成的巨型生物正在吞食污染海水。他想起沈璃说过，亚特兰提斯人能操控海洋生态系统，原来那些传说都是真的。
当林深将样本投入深海净化器时，远在太平洋彼岸的某个实验室里，穿着白大褂的男人看着监控画面冷笑："；果然，那个古文明遗孤还活着。"；他面前的培养皿中，几株变异的海藻正在疯狂生长，触须状的根系已经穿透强化玻璃。
林深将沈璃赠予的水晶匣子送检时，意外触发了监测站的警报系统。全息投影中，周明远正站在深海监测站的控制中心，他手腕上的智能眼镜闪过幽蓝数据流："；林深，你携带的样本含有深海共生体的基因片段，这会暴露我们的实验进度。"；
陵水基地的夜晚总被海浪声切割成碎片。周明远站在岸基站的观测室，凝视着屏幕上跳动的红色光点——那是深海声呐阵列捕捉到的异常能量波动。三个月前林深潜入废弃采矿站时，这个坐标就曾出现过类似信号，但被他们判定为"；海底地震余波"；。
"；启动GEOSTAR系统的自主防御协议。"；周明远触碰控制台上的钛合金按钮，整座监测站突然剧烈震颤。他身后的全息投影展开海底地图，光缆组网的节点正在逐一熄灭，取而代之的是密密麻麻的机械触须从地底钻出。
与此同时，林深在实验室发现样本中的海露正在结晶。这些本该在深海热泉口才能存活的微生物，正以肉眼可见的速度分解着培养皿里的营养液。当他尝试用基因测序仪分析时，设备突然弹出加密文件——是1945年日本海军的深海采矿日志，其中标注了亚特兰提斯坐标北纬23°14'；，东经119°07'；的"；特殊处理区"；。
台风"；海燕"；的第七次预警拉响时，林深带着改装过的潜水器潜入预定海域。监测站派出的"；深海猎手"；号正在三百米外与他并行，周明远的声音通过水声通信器传来："；林深，你正在接近人类文明的禁区。"；
"；禁区？"；林深操纵机械臂切开水面，下方赫然浮现出由发光水母构成的巨型生物穹顶。这些半透明生物正将核废料包裹成珍珠状结晶，每颗结晶都连接着海底的机械骨骼。他突然明白沈璃所说的"；生态屏障"；，竟是人类亲手打造的死亡陷阱。
当潜水器冲破生物穹顶时，林深看到了永生难忘的场景：无数发光水母构成的"；移动城市"；正在迁徙，它们的身体里嵌着二战时期的炸弹残骸。而在这座城市的中心，沈璃的妹妹沈露正躺在由珊瑚与金属融合的培养舱中，她皮肤下的荧光血管正在缓慢消失。
周明远在监测站启动了最后的净化程序。他面前的全息投影显示，东海海底正在形成巨大的基因净化网，所有携带亚特兰提斯基因的生物都会被自动清除。这个计划代号"；蓝海计划"；，早在1988年南沙建站时就已经启动。
"；所有数据已上传至天宫空间站。"；他抚摸着控制台上的铭牌，那是父亲戴琼兴的遗物——这位南海站首任站长，临终前还在念叨着"；不能让深海文明成为人类的威胁"；。突然，监测站的备用能源系统发出蜂鸣，来自亚特兰提斯的坐标信号正在突破光缆封锁。
"；警告！时空坐标偏移率超过临界值！"；周明远看着父亲年轻时的照片，突然意识到自己正在重蹈覆辙。当年戴琼兴为了建设陵水基地，不惜隐瞒胃癌病情完成土地过户，而今天他们又要用同样的手段抹去另一个文明的存在。
林深将沈露接入潜水器的生命维持系统时，她体内的荧光血液突然沸腾。沈璃的全息影像在深海中显现："；快启动声呐共振器！他们的净化程序会撕碎整个东海的生态链！"；
林深调出陵水基地的建造日志，在戴琼兴的批注中找到了关键线索——真正的"；蓝海计划"；，本应是建立人类与深海生物的共生关系，而非单方面的控制。他通过改装的潜水器，将沈露的基因样本注入声呐阵列。
当第一缕晨光刺破云层时，东海海底发生了奇迹。机械触须开始回收核废料，发光水母释放出修复性孢子，而那些被判定为"；威胁"；的亚特兰提斯基因携带者，身体正在与海洋生物产生量子纠缠。周明远在监测站看着数据流，突然发现所有净化程序正在反向运行——不是人类改造深海，而是深海文明在重新定义人类。
三年后的国际海洋日，林深站在修复后的硇洲海洋站。台风过后的海湾格外清澈，他手腕上的银镯与沈璃留下的水晶匣子产生共鸣，全息投影中浮现出沈璃与沈露的身影。她们正站在由发光水母构成的生物穹顶上，向陆地上的新监测站致意。
"；深蓝拾光计划"；的旗帜在风中猎猎作响，林深知道这不仅是科技的胜利，更是两个文明达成的古老契约。他望向永暑礁的方向，那里新建的深海观测站正与海底的亚特兰提斯城邦形成镜像——这次，人类终于学会了倾听海洋的声音。
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